一步法，使用特殊引物，全程只设置一个温度即可完成扩增。这种特殊引物有专利。二步法即循环扩增中设置2个步骤，这个方法主要扩增短片段，一个是95度变性，另一个是退火与扩增的温度，一般设置在55~60之间，当然也有例外。三步法就是平常见到的方法，扩增循环有三步，变性，退火，延伸。
