关于日语学习中的疑惑和理解

日语难点我总结了下1 助词 助动词的用法
2 动词形容词形容动词的各种变形
3 敬语
4 大量拟态词和拟声词的记忆
5 大量近意词的区分（和语汉语外来语的混合运用）
6大量多音汉字(不同读法的时候意思往往又不一样）和大量同音词的区分和使用
7大量外来语的记忆
。。
日语是一门非常混乱的语言（相对中国人来说） 有历史的原因，也有思维方式的不同。
多读多看吧少年。多想是没有用的，语言需要的是很多的练习，而非思考。

1，相同的用言接上不同的主助词、助动词，的确可以表示不同的意思。以后随着学习会学到各种不同的方式，要根据说话者的不同地位或者场景、心情来进行区分使用。比如说：简体用在比较随便的时候，敬体用在比较客气的时候。
比如说：いく（行く，去）。
、いきたい（想去）、
いきますか或者いくの（去吗）、
いきました、いった（去了）、
いきましょう、いこう（去吧）
2，就像汉语中，我们表示转折的时候有很多的不同表达方式一样：但是，可是，不过，却。。。。。都是要在以后的学习中慢慢地区分使用的。一口吃不成胖子的。
比如说から表示原因多倾向于强调主观理由，可以用倒装句。而ので倾向于客观原因造成的结果，语气更柔和一些。并且没有倒装句的出现。比如说你向上司称述你迟到的理由的时候，因为是客观发生了交通堵塞等原因，用ので就更加的合适。。。同时，这两个词的接续形式也是完全不同的。

我觉得您已经被书本搞的头晕脑胀了。
您的前两个问题，其实自己已经做了回答，没有错。
第三个以后的问题，简单解释下，表达同一个意思的词的使用方法要靠多听多看，多查阅资料。
给您个建议，要多培养些与日语有关的兴趣和爱好，比如看看动漫，看看日剧，翻翻日本杂志，看日本电影DVD时估计关掉字幕等等，您的最后的问题，在电影或电视剧中都会给你解释的。
最重要的是，随身带一本字典和一个小笔记本，遇到不懂的词汇或者用法，就记下来，翻查字典或请教老师。
总而言之，培养自己与日语有关的的兴趣与爱好，让学习变得更有趣些，日积月累，自然就轻轻松松的学会了。