上位机一直在向单片机发送数据，串口中断怎么处理才能不影响其他功能程序的运行啊？

由于你说的不详细，也不知道你晶振是多少，单片机是什么型号，波特率是多少。也才不清楚你单片机串口的数据是否是一直有用的。我就大概说一下瞎备，你可以参考：
第一：如果串口的数据是在旅液你需要的时候才有用，这样你可以在需要的地方打开串口中断，在中断中判断接收的是不是所用串口数据的最后一个字节，如果是那么就关闭中断，如果不是那么就就会继续接收。这样会提高串口和单片机的工作效率。
第二：如果串口数据是必须接收的，那么1楼和2楼所说的就不可以了，其实正常的处理中断就可以了，只要注意中断的优先级就好。串口处理占用的时间其实不是你想的那么多，我不防给你算一下：假设波特率是9600B/S，晶振8M，至于单片机什么类型就不去假设了，毕竟太多了。
串口数据8B一个字节,那么9600的波特率1S传播的次数也就是9600B/S/8B每次=1200次每秒，这个能理解吧。那么中断的时间间隔也就是1S/1200次每秒=0.83ms。再看单片机的处理速度，8M晶振（不算大吧），运行每条指令的时间基本上是1S/8M=0.125uS,（就算是51单片机，处理周期是晶振周期的12倍，那每条指令的时间周期也不过是1点几微秒），通过数据你看，一次中断单片机能处理上千条指令，所以不会出现你想的它只是在接收数据，其他什么也许不干的情况。你所要做的就是如果有其他中断，处理好中断的优先级，哪些中断重要，需要优先处理之类的事情即可。
你不会存在误区吧，认为一直有数据，就一直在中断中吧，它接收是一个字节一个字节的。一个字节一中断。

楼上说的定时器你还是不要考虑了，需要多少次数不定，处理定时器拆神物中断后还要在处理串口，耽误的时间会更多。而且可靠性不高，串口一直传输数据的项目我做过，正常处理就不会出问题

用定时器间隔一定的时间才与允许串口中断~

不用中断。只用一个定时器，时间应当要小于1个字节的时间，去查询接收标志位。然后再做处理。

采用轮询的方式，只在收到有效数据时，才处理该数据，否则继续轮询别的功能。