研究所先后与美国、荷兰、日本、法国等20余个国家的农业科研单位、大学以及联合国开发计划署（UNDP）、国际马铃薯中心（CIP）、国际生物多样性中心等国际机构建立了广泛的科技合作与交流关系。主持了联合国开发计划署援助的“蔬菜无土栽培”、“提高马铃薯育种和繁种能力”项目，参加了欧盟“生物技术在油菜遗传改良上的应用”、“用原生质体培养技术培育抗真菌、细菌病害茄子育种材料”，主持中荷战略科学联盟计划中的“白菜类作物和马铃薯有益人体健康的微量营养品质性状的基因组学研究”、“马铃薯基因组测序”项目等60多个项目。组建了“中荷园艺作物基因组分析实验室”。与美国圣尼斯、日本龙井等蔬菜种子公司开展了甘蓝、番茄、黄瓜合作育种研究。
截止2007年，该所选派出国学习和短期访问人员近600人次，邀请来自美国、荷兰等39个国家和地区的专家、学者来该所访问和讲学超过500名；先后举办了多期面向发展中国家的蔬菜、花卉国际培训班。与中国园艺学会联合召开了“园艺作物遗传资源”、“园艺作物品种改良”、“生物技术在园艺作物上的应用”等国际学术会议 。
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