应该不会有影响的。
首先你已经通过了考试上岗，说明该岗位没有严格要求必须是全日制学历，在资格初审和复审的时候也没有被刷掉，说明你的条件是合格的，所以不用太担心。其次现在要报到证，可以和领导说明情况，看怎么解决档案的问题。
一般不会受到影响，要报到证只是个入职程序问题（小问题），先讲明缘由，实在不行，等社保局的答复或让社保局出个啥证明，如果还不行，弄个假证应付一下。一般来说，不会为这点小事为难你的。
如果你所报的职位不是要求全日制本科的，不需要报到证。因为只有全日制学历才有报到证。
如果你是违规报考的，白考～
自考本科本来就没有报到证，人社局应该也清楚
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