楼上三位回答的都很好，就是一楼的“例如”不是很恰当。因为你的情况想把户口落在北京的可能性是非常低的，因为北京的人才引进（也就是落北京户口）是相当紧的。起码你要统招统分的研究生学历或者高级职称，在北京工作业绩突出，而且还得是紧缺行业才有可能。不像一楼说的调个档案就能转户口。把档案转到北京也很困难，尤其是你单位不接受档案，那么你就不符合把档案存放到北京的条件。而且你光存档案也没有什么意义，没有档案并不影响你办理社保或住房公积金等。
下面再补充下三位的回答。三方协议是指你，用人单位、学校三方。应当是在学校开出报到证之前，学校根据你和用人单位签署的三方协议开具派往该单位的报道证。你学校这么做不是很规范。既然你的报到证都开出来了，那么三方协议也就没有意义了。
其他的建议你赶紧按照楼上三位说的办理，拖的时间越长，办理难度越大。
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