严格意义上说,两个章子只要都是真实的,法律效果都是一样的。实习生所签订的实习协议是与公司建立实习关系或劳动关系的一种合同,应当是加盖公司公章的;但是在一些特殊场合,专用章与公章效力是一样的,比如签订销售合同时,合同专用章和企业公章是一样的法律效力;比如收据上加盖财务专用章和企业公章是一样的法律效力。相应的,在人事招聘协议上,加盖人事专用章和企业公章的法律后果和法律效力是一样的,两者没有本质区别。
可以盖实习部门的印章,也就是个证明而已。