简单来说就是真嗣从昏迷中醒来发现时间已经过去了14年，美里等人成立WILLE对抗碇远渡的NERV，渚熏最后发现自己被老碇骗了为了阻止四冲自杀了…… Q有很多伏笔，其实没必要纠结于剧情，痞子这次估计会很快的制作出下一部~~ 另:Q的BD于4.24发售，当天就会有高清资源了~~
福音战士新剧场版：Q的开篇便是明日香驾驶2号机为抢夺十字架型装有初号机货箱而进行的宇宙战
2号机在突破第一位防卫线时受到防空系统---Nemesis系列机体的阻击，该系统具有独立个体协同作战，大气层外自由行动的能力并会被识别为蓝色模式的使徒，被称为CODE 4A。
可中和EVA 2号机的AT filed
真希波驾驶8号机协同作战
清除防卫系统后，2号机降落在十字架物体上，反向减速，直接捕获十字架
当认为作战已完成时内藏在十字架内的一架CODE 4B开始启动。
该机可使用光束攻击，且2号机无法使用AT filed中和光束攻击。8号机因被重力吸引而脱离轨道，只能由2号机单独迎战。
2号机不支，明日香大喊“笨蛋真嗣！”
听到呼唤的初号机打破了十字架的固定，使用光束将该机歼灭。
2号机连同十字架一同突破大气层，熏在地面上欢迎真嗣回家
ACT2
真嗣在担架上醒来，身边有警备人员，一名女子不断对他进行测试
在束缚状态下来到舰桥,所有人都对他冷眼旁观,真嗣看见了美里小姐和赤木博士，可是她们分别被称为舰长和副舰长，而且对真嗣视而不见
真嗣对现状完全不明白，正打算询问时，发生了敌袭，Nemesis系列机体新机种 CODE 4C，进入战斗准备，真嗣被转移，以保护初号机为最优先任务。
赤木认为胜算为0，美里一如既往的使用大胆作战，立即发动战舰AAA Vunda未经测试的主引擎和主炮
由于点火系统仍未安装，由2号机前去点火，看到2号机，真嗣很欣慰
真嗣强烈要求登上初号机作战 被赤木驳回
“那我应该做些什么呢？美里小姐！”
“碇真嗣君……，你已经什么都不需要做了”
美里小姐如此冷冷的回答道。
舰桥开始变形，很有feel。
CODE 4C可组成网格状包围网并展开饱和浸透式攻击，接触即被消灭
2号机成功点火，虽然未经测试的系统发生了局部爆炸，但战舰Vunda仍成功启动展开AT filed发动攻击，成功歼灭敌人
Vunder升空后，两翼被敌人缠上，美里让战舰旋转，使4个敌人缠绕在一起后，使用主炮歼灭，作战成功
作战完成后，赤木开始对真嗣进行讲解，这艘战舰的动力来源就是初号机，所以已经不需要真嗣当驾驶员了，而且他和初号机的同步率已经为0
此外一个被称为DSS的颈环被戴在了真嗣的颈上，一旦今后真嗣驾驶任何一架EVA时发生了EVA觉醒的事件，便会立即爆炸，杀死真嗣，而且这个DSS还有一个手动开关，在美里的手上。真嗣对此大为不解，一直质问原因。
此时一直在旁陪伴的女子开始自我介绍打圆场，原来她就是铃原的妹妹，那个曾经被初号机波及到而身负重伤的铃原樱，现任少尉，负责看管真嗣。
明日香来探望，面无表情的她却用愤怒的一拳击碎了隔在两人之间的玻璃，真嗣完全不明白明日香对待他为什么会是这样的态度。而对于真嗣关于自己左眼的疑问，明日香的反应也很冷淡，只是表示不关他的事，并告诉真嗣虽然他的记忆还停止在去救凌波的时候，但现在已经是14年后了，自己依然是14岁的模样则是因为EVA的诅咒，说完之后便转身离开。
真嗣想起来凌波，询问凌波是否得救，被告知驾驶舱里只发现了他和那个walkman，真嗣对此表示不信，walkman是凌波随身携带的，既然能找到walkman，凌波就应该得救了
就在此时外貌酷似零号机的EVA mark9号机突然来袭，驾驶员三代目的凌波呼唤着真嗣，美里试图阻止真嗣，告诉他现在她们已经成立一个叫做WILLE的组织，目的就是阻止NERV，并告诉他凌波已经死了
但真嗣不信，坚持凌波就在那里，在那台EVA里，一边说着美里小姐是骗子一边走向了9号机，在一旁铃原樱叫住了真嗣，告诫他，他可以离开这里，但只是希望真嗣无论如何都不要再坐上EVA了。
8号机试图阻止9号机，但被爆头的9号机仍成功脱离。
虽然赤木博士大叫着让美里按下开关，可美里最终还是没有按下手中的DSS爆炸开关（养了这么久当然有感情了），明日香望着远去的真嗣，对他的称谓也正式从笨蛋真嗣改成了小鬼真嗣（人家都28了嘛，叫你小鬼也没错）
ACT 3
真嗣被带回NERV总部，迎接他的是身穿黑色战斗服的三代目凌波和一片荒凉的NERV
在去见父上的途中，真嗣被琴声吸引，看到了正在弹钢琴的熏（好基友的故事就此开始）
父上告诉真嗣，他的新座机是13号机，让他去驾驶，而熏也是13号机的驾驶员，然后就头也不回的走了（和真嗣第一次见到他时，一样的反应）
再次被带回房间的真嗣，由于walkman已经损坏，无聊至极，决定去找凌波，结果再次撞到凌波在换衣服（你们两个是大雄和静香吗？！每次男的去找女的，女的就必定刚洗完澡在换衣服！）
面对凌波，真嗣将自己心中的疑问一吐为快，像是为什么大家都对我这么冷淡、还说凌波死了，这不是好好地活着吗？凌波你的书呢？你可是很喜欢书的。
但是这个凌波却没有任何凌波该有的反应，不明白喜欢是什么意思，还询问真嗣让她看书是不是命令。（不要浪费力气了，这个是三代目）
心烦意乱的真嗣独自一人蜷缩在墙角
而熏就在此时恰好出现，邀请他去弹钢琴，虽然真嗣并不会，但在熏的教导之下，两人依然合奏了一曲（两人像李云迪和王力宏一样弹了一段钢琴……）
真嗣就此对熏敞开了心扉，甚至还把重要的walkman给了熏，希望他能修好。晚上两个人边看星星，边躺边互相诉说着心事（基情度破表，最后熏表白说道“我生来就是为了遇见你。”）
第二天真嗣发现送来的衣服有点大，结果发现衣服上写着铃原的名字
就这样重新回想起朋友的真嗣，在向熏拿回walkman的同时，询问原来第三东京市的人后来都怎么样了。熏一脸认真的问真嗣，你真的想知道吗？
之后熏便带着真嗣来到了地底的深处，真嗣看到了不可置信的景象
熏告诉真嗣由于14年前真嗣引起的近·第三次冲击（由于该次冲击中途被mark6强行终止，所以并不完全因此被称为近·第三次冲击），第三东京市的那些居民因为莉莉丝的意愿而失去了小我和人类外形而被强制进化成为外观酷似于EVA的存在，Nerv称之为人类补完计划。而这一切的起因就是真嗣为救凌波而引起的近·第三次冲击。
为了救一个人啊，把整个世界都搭上了，可是救回来的那个还很有可能并不是真正的凌波，永远的中二少年真嗣的三观就这么被毁了。（都受诅咒了，谁都不能阻止他一直14岁下去了！！！）
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