公司合同规定员工离职需要提前三个月向公司提交离职申请，否则违反规定会罚款五千！！！

您公司的问题要区分来看
1.如果您公司和您有培训协议或者竞业协议之类的条款如果您违背相关规定应按相关规定为企业支付相关补偿；
2.如果不属于第一种情况，企业应该按劳动合同法相关规定执行，强行要求员工提前三个月并作出过分罚款是违背劳动法及劳动合同法的；
第三十七条 劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
3.如果由于你的工作性质本身具有给企业带来商誉或者运营风险性，或者由于企业在管理制度上有延期支付绩效工资的必要性，并且公司在劳动合同上或者其他书面约定中有要求提前三个月提交离职申请字样，而且有你确认签字同意这些规定的，建议您从职业道德的角度上最好按相关规定来执行；
4.如果企业已经在工资待遇上给你按正式员工待遇支付或者已经与您本人已经签订或者办理转正手续了，那么久不算是试用期了。
5.如果员工在无工作过失的情况下，无培训协议或者竞业协议的情况想，只是因为离职原因企业不应该进行罚款，如因违反劳动制度原因，罚款金额一般不应该超过工资的20%

你的关系在学校，在这家公司只是实习，公司不能与你建立劳动关系，虽然你们双方签订了“劳动合同”，但那只是“实习协议”的瑕疵体现，公司也就无需给你交纳社会保险。

至于要处罚你5000，要看你是否参加了公司的培训，公司在你身上投入的费用是多少，有没有经过你签字认可，有没有与你签订类似“服务期协议”等禁止性条款，否则公司不能扣你的钱。
既然你和公司现在不是劳动关系，就不受劳动部门的管辖，你和公司的纠纷应由法院进行裁决，按“谁主张谁举证”的原则办理。一般来说，公司与实习生有约定的，从其约定。认为约定不合法的，一是当初就不应该签，二是向法院提起诉讼。

1、你公司的合同规定员工离职需三个月提交申请，否则罚款5000，这个条款严重违反劳动合同法规定，属于无效条款，对你没有约束力。
2、你如果在试用期内的话，依据《劳动合同法》相关规定，提前3日通知单位，即可解除劳动合同。
3、如果已经超过了试用期，那么你需要提前30日书面通知单位，之后可以解除劳动合同。
你可以结合自身情况决定是否解除合同。

”企业劳资问题解决专家梁伟权老师“认为：
1、 根据《劳动合同法》第37条规定，只要员工提前一个月或者试用期提前三天书面通知用人单位提出辞职，那么就可以解除劳动关系；
2、根据《劳动合同法》第19条规定，试用期可以根据劳动合同所约定的服务期限来约定，只要不与本条规定产生冲突均视为有效约定；
3、根据《劳动合同法》第26条规定，当劳动合同所约定的条款与本法产生冲突，均视为无效条款，员工可以不予接纳，以上单位所约定的条款就与《劳动合同法》第37条规定产生冲突，所以属于无效条款，员工可以不予接受。