黑衣组织 首脑：
那位先生
黑衣组织的首领，已登场[6]。被组织成员呼为“那位先生”，除此之外一切信息不明。
主要成员：
琴酒（Gin）
声优：堀之纪
黑衣组织的干部。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。在组织中负责重要的交易、暗杀及铲除不合格的成员的任务。给新一灌下毒药使其身体变小的罪魁祸首。
伏特加（Vodka）
声优：立木文彦
经常跟随在琴酒身边的黑衣组织成员。
贝尔摩德（Vermouth，又译苦艾酒）
声优：小山茉美
真实身份为美国的大明星莎朗·温亚德，诈死后将身份转换为自己的女儿克丽丝·温亚德。曾经试图追杀叛离组织的雪莉（灰原哀）。精于变装。由于在纽约受过新一和小兰的救命之恩，因此一直刻意保护两人。
基安蒂（Chianti）
声优：井上喜久子
组织的狙击手，与科恩搭档。很讨厌贝尔摩德。
科恩（Korn）
声优：木下浩之
组织的狙击手。
基尔（Kir）
即CIA探员水无怜奈。
波本（Bourbon）
声优：古谷彻
真实姓名为安室透，29岁，餐厅服务生，自称侦探，真实身份为组织成员波本，观察力与推理能力极强，被称为“神秘主义者”。赤井在组织卧底时期与他是竞争对手，因此相互反感。拜毛利小五郎为师，目的是调查基尔事件中，毛利是否与雪莉有关系。曾伪装成伤疤赤井来观察赤井是否已死。与贝尔摩德合作，欲将雪莉带回组织却任务失败（但误认为雪莉已死）。开始重新调查赤井之死，并对柯南的身份产生兴趣。
已脱离组织：
雪莉（Sherry）
即灰原哀。
黑麦威士忌（Rye）
即FBI搜查官赤井秀一，以诸星大的化名潜入组织，身份暴露后脱离组织。
沼渊己一郎
声优：龙田直树
黑暗组织底层成员。组织原本想培训他成为杀手，后准备将其进行人体试验。逃脱后因强盗杀人被捕。后因想再看看萤火虫，谎称埋尸于群马深山中，伺机逃脱，之后又再次被捕。
已死亡：
龙舌兰（Tequila）
声优：广田行生
身材高大的关西大汉。后来被卷入某起案件而被炸死。
匹斯可（Pisco）
声优：村松康雄
本名枡山宪三。曾经一度掌握了雪莉的所在，但后来由于射杀吞口议员的画面被拍下，而遭琴酒灭口。
卡尔瓦多斯（Calvados，又译苹果白兰地）
组织的狙击手。在一次行动中被赤井击伤后自杀。
宫野明美
声优：胜生真沙子→玉川纱己子
宫野志保（灰原哀）的姐姐。组织的基层人员，为了让自己和妹妹脱离组织而参与了10亿元抢劫，但后来组织却出尔反尔，明美也被琴酒所杀。曾经和潜入组织卧底的赤井秀一交往。
宫野厚司
科学家，明美和志保的父亲。由于不明原因死亡。
宫野爱琳娜
声优：铃木弘子
明美和志保的母亲。由于不明原因死亡。
爱尔兰（Irish）
声优：干本雄之
剧场版原创人物，登场于剧场版《漆黑的追踪者》。为了调查某个与组织成员有关的案件而被黑衣组织安插进警视厅搜查小组。通过指纹对比得知柯南身份。最后被基安蒂射杀。
楠田陆道
声优：岩田光央
组织的卧底，为了寻找失踪的基尔而被组织安排装病住进杯户中央医院进行秘密调查，被识破后开车逃亡途中开枪自杀。
FBI 相关 詹姆斯·布莱克（James Black）
声优：家弓家正
FBI成员，英藉美国人，高级搜查官，茱蒂和秀一的上司。为了调查黑衣组织而来到日本。
茱蒂·斯泰琳（Jodie Starling）
声优：一城美由希 / 冬马由美（幼年期）
由于家人被贝尔摩德杀害而加入证人保护计划，后来成为FBI探员。为了调查黑衣组织来到日本，化名为茱蒂·圣提米利翁，并伪装成帝丹高中的英语老师。
赤井秀一
声优：池田秀一
FBI探员。枪法极高，头脑冷静，被黑衣组织称为银色子弹。曾经进入黑衣组织卧底，并成为了阶级很高的干部，代号Rye，在此期间与宫野明美交往。后来被水无怜奈枪击，目前生死不明。
安德烈·卡迈尔（Andre Camel）
声优：梁田清之
FBI探员。驾驶技术一流。两年前曾在任务时出错，导致行动失败，还暴露了赤井秀一的身份。
世良真纯
声优：日高法子
赤井秀一的妹妹，帝丹高中2年B班的转学生，擅长截拳道和推理。对新一似乎很感兴趣。
CIA 相关 伊桑·本堂
声优：小山力也
CIA的情报员，瑛海和瑛祐的父亲。在某次任务中，为了保护卧底组织的女儿瑛海不暴露身份而自杀。
水无怜奈
声优：三石琴乃
本名本堂瑛海，CIA的情报员，黑衣组织内的卧底（代号：基尔），伪装身份为电视台主持人。现与FBI合作并重新回到组织，辞去主持人职务。
本堂瑛祐
声优：野田顺子
瑛海的弟弟，一直努力寻找失踪的姐姐，后来知道姐姐与水无怜奈为同一人。发现了柯南的真实身份就是新一。希望加入CIA。
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