长期过度疲劳、情绪激动、过度精神紧张，加以营养不良，都可成为慢性肠炎的诱因。也可继发于咀嚼障碍、胃酸缺乏、胃大部切除术后、肠道寄生虫病等疾患。
慢性肠炎的发病与这些因素有关:
(1)慢性肠道细菌感染性疾病：如慢性细菌性痢疾、溃疡型肠结核、沙门氏菌感染、肠道菌群失调。
(2)肠寄生虫病：如慢性阿米巴痢疾、慢性血吸虫病、肠鞭毛虫病、结肠小袋纤毛虫病、肠道蠕虫病等。
(3)非细菌性炎症：如克降氏病、慢性非特异性溃疡性肠炎、结肠憩室炎、结肠息肉并发结肠炎等。
(4)肠肿瘤：如结肠癌、直肠癌、小肠恶性淋巴瘤。
(5)胃原性慢性腹泻：如慢性萎缩性胃炎、胃癌晚期、胃空肠吻合术后。
(6)胰原性慢性腹泻：如慢性胰腺炎、胰腺癌晚期。
(7)肝、胆道疾病所致慢性腹泻。
(8)内分泌、代谢障碍疾病：甲状腺功能亢进，慢性肾上腺皮质功能减退症，垂体前叶功能减退症，糖尿病。
(9)尿毒症、糙皮病、放射性肠炎、硬皮病。
(10)痉挛性结肠(过敏性结肠炎)、神经精神性腹泻
细菌、病毒和吃不干净的食物、肚子着凉、中署都会引起肠炎
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