楼主你弄得太复杂了。建议你下载高版本的mkvtoolnix，使用其中的mkvtoolnixgui / mkvmergegui / mmg 工具，直接打开原始的mkv文件，在轨道列表中，用打勾的方式选择视频轨道、第一个音频轨道，其他轨道不要选，输出为mkv即可。
mkvtoolnix就行。而且，完全没必要把东西抽出来再封装。
