补发员工以前年度工资，如何缴纳个税？

1、税务局的要求没错。
2、年终奖的计算方法按月分摊，一年也只能用一次。
3、补发工资属于特殊情况，既然税务局要，单位跟员工补一份合同或协议，说明以前年度每个月预留了一部分工资没发就是了。

工资要摊到每个月去计算
合同写明每个月工资

我们的片管曾强调过，个税申报按照工资发放的实际时间确定，收付实现制，这不像年终奖可以进行分摊吧。
税务局以事实为依据，主要想知道你晚发三年的原因，合理合法的情况下应该只是交税，不然可能还有罚款滞纳金这些。
现在补签合同，如果劳工双方都同意的话，应可能按照标准合同条款签署，最主要的是把双方达成的推迟三年发工资的事由阐述清楚。

一、补发工资的处理：
　　《个人所得税法》第八条规定，个人所得税以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
　　第九条规定，扣缴义务人每月所扣的税款，自行申报纳税人每月应纳的税款，都应当在次月七日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。
　　工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月七日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。特定行业的工资、薪金所得应纳的税款，可以实行按年计算、分月预缴的方式计征，具体办法由国务院规定。
　　《个人所得税法实施条例》第三十五条规定，扣缴义务人在向个人支付应税款项时，应当依照税法规定代扣税款，按时缴库，并专项记载备查。
　　第四十条规定，税法第九条第二款所说的特定行业，是指采掘业、远洋运输业、远洋捕捞业以及国务院财政、税务主管部门确定的其他行业。
　　根据上述规定，个人所得税是按个人实际收到款项时进行纳税，按月计征。目前允许分摊到各月进行计算的情况，应仅为特定行业，或者是如一次性解除劳动合同、一次性奖金等有明确规定的政策。
　　对于问题所述情况，原则上应按实际发放月份合并计算个人所得税，但是现在各地也有不同规定，如《大连市地方税务局关于明确调整个人所得税若干政策问题的通知》（大地税个[1997]101号）第一条规定，鉴于有的单位因资金短缺，对所属人员月工资（不包括当月应领取的数月奖金，年终加薪、年终分红等）数月集中支付；有的单位按照上级有关部门的规定标准调资，还有的晋职、晋级，其上调工资部分往往一次或分次补发。对确有上述情况的单位，报经主管地方税务机关审核后，可按照纳税人应取得工资收入的所属期间，计算缴纳个人所得税。
　　《广东省地方税务局关于对补发以往月份工资计算个人所得税问题的通知》（粤地税发[1999]239号）规定，对纳税人领取补发以往月份的工资（含津贴，补贴），可以把补发的工资分摊回所属月份工资薪金所得合并计征个人所得税。其计算公式如下：所属月份补发工资应纳税额＝{[（所属月份补发工资＋原所属月份的工资薪金所得）-费用减除额]×适用税率-速算扣除数}-原所属月份已缴纳的个人所得税。
　　但陕西省未见对此明确规定，建议企业可与当地税务机关进行协商。