合并图层就是输出通用格式（如JPG）以供自己和他人使用（可以叫它成品）；不合并图层一般就保存为PSD格式，方便日后再编辑修改（可以叫它半成品）。
合并了你就没有图层了。比如说你要修改那个就很麻烦也就相当于jpg了。不合并就有psd格试的方便修改。不过合并只要你没关闭返回就行了。
合并图层后就不能在单独操作，不合并图层，可以在修改某部分
如果你是保存图片是没关系的，如果你想保存PSD源文件，当然不能合并
