非基本户注销很容易，拿公章身份证等基本的东西就可以了，你可以先打银行电话咨询一下，和变更法人没有什么关系。另外非基本户没有开户许可证，只需人民银行备案即可。
一个单位开户许可证只有一个的，就是基本户的开户许可证，这个不可能没有吧？
另外如果那个账户的资料和现在的资料对不上(例如法人变更了，公司名称变更了等等)要重新办理资料更改才能注销的
PS：注销账户要有一套资料(如营业执照，机构代码证等等)的，不同的银行不同的营业点要求的资料可能会不同，具体要问该银行
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