事情是这样的，
原先就怀疑并且侦察
。以
的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到
首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。
当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条
，他派GIN和
跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是
，真正的目的是跟踪，于是新一
也就被他们变成了柯南。之后，阿笠
地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是
的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和
的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是
，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是
。哀其实是APTX-4689的第一个
，本来药的目的是
，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在
最厉害的老大的监视下。
也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说
总是把他们引向
。
已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是
里面的
亚帝。所以
其实应该叫
亚帝教授——
里的罪恶的教授。
线索2：
《柯南》第987集
的秘密 （大结局）
背景：随着调查的深入，
逐渐现形，
因发现组织的
庞大而拜托
插手。在日本警方及
的协助下几次阻止了
其活动，
决定报复。
黑
织偷袭了阿笠
，捉住了
，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑
织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以
的生
命要挟其制作缩小药的
。早已
的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及
。。。。
迅速揭开暗示之谜，并赶往黑
织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是
大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：
临终前留下一份
，写有黑暗云云。
以为是
要建立黑暗组织的
。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开
的
含义。
Gin给哀服下
后告诉胖子释放哀。对大哥
的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其
。
Cris（
）道出
是新一的秘密，交给科南一份
，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的
诱惑。科南解开血书之谜，原来
是
死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对
出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为
与美国女
家Gino的
的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组
的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为
，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍
，大夫说
若长期昏迷可能变
。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到
了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到
身边并要兰去美国。而
因英勇表现而被聘回警局当
组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和
团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
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