故事发生在19世纪上半叶密西西比河畔的一个普通小镇上。汤姆·索亚是个调皮的孩子,他和同父异母的弟弟希得一起接受姨妈波莉的监护。他总是能想出各种各样的恶作剧,让波莉姨妈无可奈何,而他也总能想尽办法来躲避惩罚。一天,汤姆见到了可爱的姑娘蓓姬·撒切尔,她是撒切尔法官的女儿。汤姆一见到她就对她展开了攻势。而他的爱似乎也得到了回应。镇上有一个孩子叫哈克贝利·费恩。他的父亲总是酗酒,父母一直打架,因此他跑出来自己生活。他看起来和文明社会格格不入,大人们都不喜欢他,可汤姆和他却是好朋友。有一天他们约好晚上一起去墓地,却看到了意想不到的一幕。他们看到鲁滨逊医生、恶棍英乔·琼和喝得醉醺醺的莫夫·波特。在他们混乱的厮打中,印第安·乔把医生杀死了,然后又嫁祸于被打昏的波特身上。汤姆和哈克被吓坏了,立了血誓决不泄密。波特被捕以后,汤姆十分内疚,经常去看望他。此时的汤姆事事不顺,蓓姬生了他的气,不再理睬他,波莉姨妈也总是呵斥他,他觉得没有人关心他。于是,汤姆、哈克和村上的另一个孩子一起乘小船去了一个海岛。可没过多久,他们便发现村里的人们以为他们淹死了,正在搜寻他们的尸体。汤姆晚上悄悄回到了姨妈家,发现波莉姨妈正在为他的“死”悲痛欲绝。汤姆觉得十分惭愧。最终,他们三个人在村民们为他们举行葬礼的时候回来了。夏天来临时,汤姆便感到更加不安,因为法官将对波特的罪行作出判决。汤姆终于战胜了恐惧与自私,指出了印第安·乔就是杀人凶手。可凶手还是逃走了。后来,汤姆又想出了一个主意:寻找宝藏。汤姆和哈克偶然发现了印第安·乔和他的一大笔不义之财。但他们却不知道他把钱藏在哪里了。在贝基和同学们外出野餐时,哈克得知印第安·乔要去加害道格拉斯寡妇,因为她的丈夫曾经送他进过监狱。幸亏哈克及时报信才避免了一场悲剧的发生,可印第安·乔再一次逃之夭夭。此时,汤姆和贝基在野餐时走进了一个山洞,因为洞太深而找不到回来的路,被困在里面。他们在山洞里再一次遇见了印第安·乔。村民费尽周折救出汤姆和蓓姬之后封死了山洞。后来汤姆告知村民印第安·乔还在里面。当他们找到他时,他已经死在山洞里了。恶人得到了应有的报应。汤姆和哈克再次回到山洞里,找到了那笔宝藏。
汤姆幼年双亲去世,由波莉姨妈收养。聪明顽皮的汤姆受不了波莉姨妈和学校老师的管束,常常逃学闯祸。一天深夜,他与好朋友哈克贝利·费恩到墓地玩耍,无意中目睹了一起凶杀案的发生。后来,汤姆、哈克带着 乔·哈波一起逃到一座荒岛上做起了“海盗”,弄得家里以为他们被淹死了,结果他们却出现在了自己的“葬礼”上。在法庭上,经过激烈的思想斗争,汤姆终于勇敢地站出来,指证了凶手。不久之后,在一次野餐活动中,他与他喜欢的女孩贝琪在一个岩洞里迷了路,整整三天三夜饥寒交迫,面临着死亡的威胁,更可怕的是,他们还在山洞里看到了凶杀案的凶手——印第安·乔。最终,汤姆靠牵着绑在石头上的风筝线探路,找到了出口,走出了山洞。村里人发现他们,他们讲述了在洞中的经历,之后,村里人用铁板堵住了山洞口。汤姆和贝琪告诉村里人在山洞里见到了杀人犯印第安·乔,当村里人在洞中找到印第安·乔时,他已经饿死了。最后,汤姆和哈克重返山洞,找到了一笔宝藏,成了这个村的小英雄。