①等位基因都是基因突变形成的，①正确； ②变异包括可遗传变异和不可遗传变异，只有可遗传变异能为生物进化提供原材料，②错误； ③染色体结构变异可以改变染色体上基因的数目或排列顺序，③正确； ④基因突变和染色体结构变异都是遗传物质发生改变，都对生物体有影响，没有大小之分，④错误； ⑤基因重组是生物变异的主要来源，只能发生在减数分裂过程中，⑤错误． 故选：A．
