现有黄瓜的分类方法较多，有藤井健雄的系统生态综合分类法和琼斯、熊泽等分类法等（中国农业科学院蔬菜花卉研究所，1989；中国农学会遗传资源分会，1994；许勇等，1995；谭俊杰，1990）。
（一）藤井健雄分类法
1.A-a-1西方系鲜用品种
露地栽培。果粗短，果面平滑，瘤低而少。
2.A-a-2西方系酸渍用品种
前苏联栽培较多。果短卵形，无瘤。
3.A-a-3西方系温室用品种
北欧温室栽培品种。果实大、肉厚、种子少；刺少，在幼果期即脱落，果面稍有棱褶，多粉。
4.B-a东方系南亚型
果较粗短，瘤高大而多，在低温短日照下雌花多。
5.B-b东方系北亚型
果细长，种子少，多白刺、低瘤，不耐干旱，抗病虫，长日照下能生雌花。
（二）琼斯分类法
琼斯将欧美黄瓜品种分为3类。
1.英国温室型
北欧温室栽培的晚熟品种。果实长圆形，长60cm左右，黑刺，植株生长势较强，单性结实强，种子少，抗病性弱，不适合于露地栽培。
2.薄片型
欧美露地栽培。分枝性强，非节成性，果长20cm左右，不抗病，果面平滑，肉厚，品质一般，多白刺。
3.泡菜型
供加工用的小型品种群，在前苏联和美国栽培，种群分化明显。叶片小，节间长，分枝性强，多数非节成性，果实短卵形或圆筒形，长度5cm左右，不抗病，黑刺，作加工用。
（三）熊泽分类法
熊泽把东方的黄瓜分为两类。
1.南亚型
主要分布在中国的华中、华南及东南亚、日本。叶片肥厚，枝蔓粗，根群密，有一定的耐旱性，对温度和日照的长度比较敏感，果实粗大、品质差，黑或白刺。
2.华北型
节间与叶柄较长，叶片薄，耐热性、抗病性强。低温弱光下生长缓慢，对日照的长度不敏感。根系弱，分枝少，不耐干旱，不耐移植。果实大而细长，白刺，果绿，皮薄，肉质细嫩，品质较好。
（四）谭其猛分类法
谭其猛在以上分类的基础上，根据品种的分布区域及生态学性状将黄瓜分为下列几类（谭其猛，1980）。
1.华北系
主要分布于中国北部及朝鲜、日本等地。植株大多生长旺盛，喜土壤湿润，天气晴朗的自然条件，对日照长短的反应不敏感。嫩果棍棒状，绿色，果实长大，瓜形指数在8以上，大多非节成性，不同日照长度下雌花节率相差不大，成熟种瓜大多为黄色、淡黄色或黄白色，表面网纹少，大多有白色刺瘤，也有少刺瘤或无刺瘤者，大多有棱，第一雌花大多着生在4～5节以上，较晚熟，抗病性强，这一系统内大致又可分以下几类。
（1）早熟刺瓜类 耐热性及抗病性较弱。第一雌花节位较低，节成性强，以母蔓结瓜为主，瓜较短小。如叶儿三水黄瓜、长春密刺等。
（2）刺瓜类 多中晚熟。抗病性较弱，但也有较强者。非节成性，多数主要在母蔓上结瓜。果面刺瘤有棱。如宁阳大刺瓜、公主岭水黄瓜等。
（3）截头瓜类 多中晚熟。抗病性强。非节成性，分枝强，母蔓雌花少，子蔓花多或母蔓子蔓都结瓜。果面瘤刺较少而多毛刺。如北京截头瓜、大八杈、天津棒槌瓜等。
（4）鞭瓜类 多中晚熟。抗病性强，耐热性强，适于延后栽培或作秋瓜栽培。非节成性，分枝性中等，大多母蔓、子蔓都结瓜。果面平滑或只有少数刺瘤，果皮常稍厚，果肉较厚，品质较差。如北京大鞭瓜等。
（5）加工腌渍品种类 在长日照下有高度雌花性，同一节内常簇生3～6朵雌花。如九牌秋瓜、胜芳二快等。
（6）温室栽培用品种类 一般抗热性较弱，耐寒性和抗旱性弱，但耐阴性较强，在高温短日照下形成雌花能力强。叶片较大，单性结实率高，瓜内种子少，瓜条长大。大多是母蔓结瓜，非节成性。如北京大刺瓜、北京小刺瓜、山东小密刺等。
2.华南型
主要分布于中国长江流域以南和印度，日本，南洋一带，但北方栽培的部分地黄瓜、旱黄瓜可能也属此系统。耐湿、热，为短日性植物。一般植株生长势弱，果实较短，瓜形指数在4～6之间，果实大多无棱且刺瘤稀少，刺瘤以黑色为多，果皮较厚，果肉较薄。有些品种稍有苦味，节成性品种较多，成熟种瓜多为褐色，表面多网纹，第一雌花着生部位较低，大多早熟，抗病性较弱，耐热性较强。这一系统可以分为以下几类：
（1）节成类 大多为早熟，以母蔓结瓜为主，黑刺。如上海杨巷黄瓜、南京茶亭早黄瓜、昆明早黄瓜、广州二青、武汉青鱼胆、日本的青长等。
（2）非节成类 大多中熟，分枝性强或弱，白刺或黑刺，有的品种瓜条长达30cm以上。
（3）加工酱制品种类 果肉致密，刺瘤少，雌花多，结果率高。
3.南亚型
分布于南亚各地。茎叶粗大，易分枝，果实大，单果重1～5kg，果短圆筒或长圆筒形，皮色浅，瘤稀，刺黑或白色，皮厚，味淡。喜湿热，严格要求短日照。地方品种种群很多，如锡金黄瓜，中国西双版纳黄瓜及昭通大黄瓜等。
4.西方酸渍用型
前苏联品种大多属这一系统。瓜形短小，瓜形指数约2～4，无刺瘤或极少，大多数分枝性强，主要在子蔓上结瓜，成熟果褐色有网纹。
5.西方鲜用型
又分露地栽培用品和温室用品种。
（1）欧美型露地黄瓜 分布于欧洲及北美各地。茎叶繁茂，果实圆筒形，中等大小，瘤稀，白刺，味清淡，成熟果浅黄或黄褐色。有东欧、北欧、北美等品种群。
（2）北欧型温室黄瓜 分布于英国、荷兰。茎叶繁茂，耐低温弱光，果面光滑，浅绿色，果实达50cm以上。如英国温室黄瓜，荷兰温室黄瓜等。
除了根据品种分布的地理区域和生态学特性来分类以外，还可以根据品种适应的栽培方式分为冬春保护地型，春露地型和夏秋露地型等；根据品种耐冷性可分为冷敏型、中间型和耐冷型；根据品种性分化对日照长度敏感程度可分为短日照型、日照不敏感型和长日照型。
上述各种主要分类法，有的是针对某些地区的品种而言，有的是针对世界各地的品种而论。有的类群为某些地区独有，有的类群的分布范围较广。对少数类群也有分类归属不一致的情况。概而言之，以下几个类群的分法争议较少：
1.欧洲温室型
在英国形成的适于温室栽培的品种，现主要分布在英国、荷兰、西班牙、罗马尼亚等东欧地区。较耐低温弱光，茎叶繁茂，但在露地栽培生长不良。果实光滑，鲜绿色，圆筒形，果长达50～60cm以上，肉质致密而富有香气。单性结实性强，种子少，抗病性弱，不适于露地栽培。
2.欧美露地型
分布在欧洲及北美洲各地，适于露地栽培。植株生长旺盛，分枝多。果实长20cm左右，圆筒形，较粗，果面平滑，果肉厚而味道平淡。白刺品种多，也有黑刺品种。白刺品种成熟时，变为黄红色，黑刺品种呈黄褐色。抗病性中等。有东欧、北欧、北美等品种群。
3.华北型
在中国的华北地区分化形成，并扩展到中亚细亚、中国的东北、朝鲜及日本。植株生长势中等，喜土壤湿润和天气晴朗的气候条件。根群分布浅，分枝少，不耐移植，不耐干燥。大部分品种耐热性强，较抗白粉病与霜霉病，对CMV免疫。雌花节率一般较高，对日照长度不十分敏感。果实细长，呈棍棒形，白刺绿色果，刺瘤密，皮薄，肉质脆嫩，品质好。成熟瓜变黄，无网纹。如华北地区许多地方品种：长春密刺、安阳刺瓜、唐山秋瓜、北京丝瓜青等。
4.华南型
以中国华南为中心，分布在东南亚、中国的华中与日本。茎蔓粗，叶片厚而大，根群密而强，较耐旱，能适应低温弱光。雌花节位对温度和日照长度敏感，为短日照植物。果实短而粗，皮硬，味淡，肉质比华北型品种差。多为黑刺，但也有白刺的品种。果实颜色有绿色、白、黄白，种皮有网纹。如华南、华中地区许多地方品种：广州二青、上海杨巷、武汉青鱼胆、成都二早子、昆明早黄瓜、日本的青长、相模半白等。
5.加工型
加工黄瓜有西方酸渍型和中国酱制型两类，主要指供加工用的小型果品种群，在美国、前苏联和中国均分化出各自的一类品种群，这些品种植株较矮小，叶片小，分枝性强，结果多，果实呈短卵形或圆筒形。一般果实长度达5cm即开始收获。大多为黑刺，但也有白刺品种。肉质致密而脆嫩，果肉厚，瘤小，刺稀易脱落。适于做咸菜和罐头。
关于“野生型”和“南亚型”黄瓜分类有些含混。分布在起源地附近地区，如在印度、尼泊尔、巴基斯坦、阿富汗和伊朗等地的C.sativus var.hardwickii和C.sativus var.sikkimensis，大都被归为“野生型”。但是有的将C.sativus var.xishuangbannanesis归为“野生型”，有的归为“南亚型”。在中国云南地区分布着的西双版纳黄瓜，有多种类型，或半野生或逸生或为当地农民所栽培，并称之为“山黄瓜”。因为这类黄瓜品种仍处于自然原始的栽培状态，所以，归为“野生型”尚待探讨。
有的分类中以“南亚型”一类包括“南亚型”和“华南型”两类，有的则单独分为两类。这两类的关系也有待定论。
近几十年来，随着种群之间和品种间的天然或人工杂交，形成了一些新的变异类型或育成了许多新品种和一代杂种。现在的许多品种可能有多个类群的血统，有的明显地处于中间型，因此很难将其归入哪一类。
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