100以内的自然数中，只有3个因数的有：4、9、25、49
解析：
只有3个因数的数，肯定是一个质数的平方数，也就是该数的算术平方根是一个质数
因10²=100，所以这个质数应小于10
10以内的质数有2、3、5、7
2²=4，3²=9，5²=25，7²=49
所以，100以内的自然数中，只有3个因数的有：4、9、25、49
