化学研究所是明确的科研单位，化学与化学工程学院是中科院依托多个研究所建立的研究生培养单位，主要从事研究生培养。两者都可以考，但是建议考研究所，有固定单位的话以后找工作方便一点。说实在，差别真不很大。研究生阶段好坏主要看导师。
