女友被强奸了，该去医院进行那些检查？

这是其次。
首要问题是确保你女朋友情绪稳定。
如果你做不到让她的情绪问题，有冷静思考问题的能力，建议你带着她去看心理医生。避免因为这件事情，深度打击她的心理。要建立她的自信和重建自尊是非常重要的。
另外，报警。不能耽搁，详细向警方通报你们的遭遇。如果真能逮到罪犯，她的心里压力会大部分得到释放。
最后，生理问题，只需要做常规妇科检查就好，因为，如果是刚刚发生的事情，任何疾病都有潜伏期。查是查不出来的。
做常规检查的目的，是为了了解一下，你女朋友的生殖系统有没有被感染，有没有外伤，有没有强迫伤。
最多在做一个全血检查就可以了。
如果不放心，可以待三个月后再复查一次。
对你的不幸，感到同情；希望你们都能坚强；罪犯能早日绳之于法。

我觉得，不管你是否会继续爱她，你都应该带她去警察局报警备案，强调“你要带她去，陪同她去”，一来可以给她一点安慰，二来可以做好隐私保密措施（例如警察询问时可以留你手机和你联系，避免她隐私外泄）。毕竟不能让侵害你们的罪犯逍遥法外。
第二，就是关于男人心态的问题。其实在我看来一个真男人、真汉子是敢于面对一切的，是成熟而善于处理复杂事情的。女人的好与坏不是看她有没有被人家糟蹋过，而是她会不会主动去给别人践踏。如果她是你深爱的、珍惜的，那么在她最困难的时候，你陪她度过难关正是你男性的“刚”“强”的表现，只有你才能用真爱消除她心理的阴影。在她遇到这样不幸的时候，你用温柔呵护可以使她倍受关怀，用你男性的强壮臂膀扛起一份责任和一个女人的幸福，这样她对你的感情也会由喜欢、爱戴转变为依赖，而你也将把爱升华到最大的程度。如果在这样的不幸之后，你采取冷漠与逃避，那么不但她的伤口会加深，悲剧会恶化，还有可能使你失去一个值得你爱一辈子的人，让你一辈子生活在忏悔里。
综上，现在的你无异于她的神，只有你能改变她的心理，要么欣慰要么伤悲；也只有你能把这么一出开头不利的“剧”继续导演下去，要么转悲为喜，要么悲哀至极！

分析如下：
1、女友被强奸了，该去医院进行检查的同时必须报警
2、最好请公安局法医检查，尽可能提取精液或者那个男人的毛发作为证据保全。
3、“全身乏力，酸痛”可能在挣扎过程中用力所致，休息就会好的。
4、艾滋病，梅毒.......
，这要看那个男的有没有毛病了，最快知道的的方法就是知道那个男的健康状况；否则，因为疾病都有潜伏期，只有在3－6个月后化验了。
5、是否会怀孕，只有等7-14天以后做早早孕才会知道。
以上第1-2两条是最紧急的。

传染病是短时间内查不出来的。钱多的话，不知道能不能预防性用药（这个又费钱又给自己很大的压力，比你想象的要多很多）。
是否会怀孕？
可以使用紧急避孕药，具体怎么用，问妇产科的大夫吧
这个事情很严重，强奸犯不死的话你们肯定会有阴影的，如果那畜牲留下了他的血液、精液等东西，你一定要保留证据（这个，还是交给警察、法医吧，具体该谁管，医生也许知道），在保留证据的前提下，再干别的。
捉拿凶手是重要的！