第一部后面大多是原创，第二部是完全按照漫画制作。虽然两部开头很像，但第二部十多集后就不一样了，而且每一件事都与着后面发生的战役息息相关。剧情的话：很多地方，03只有FA的九分之一的剧情，很多地方都改了的，甚至有些任务都不一样。
比如03爱德的应怀表上写的是“不要忘记10月3日”，09写的是不要忘记11月3日
03是罗伊杀了洛克贝尔夫妇，09是斯卡
03BOSS是‘但丁’，09是‘父亲大人’
03有拉斯这个人造人，09没有
09有张梅、兰芳、福爷、姚麟，03没有
03的人造人是人体炼成失败的产物，09是烧瓶中的小人【父亲大人】按照七宗罪创造的。
03贤者之石十分稀少啊囧，大部分都是红石，09没有什么红石，全是贤者之石 03的大佐有见到门，09的大佐没有见到 03中没有阿姆斯特朗的姐姐 09有
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