1、缺钙硫等微量元素
当人体缺钙时，指甲的生长会受到影响，容易凹陷下去;人体中脚趾甲(指甲)是含硫最高的部位之一，是多种蛋白质、酶的中药组成部分，机体硫元素含量不足的情况下，脚趾甲(指甲)都会显得不健康，指甲凹陷也是症状之一。
2、缺蛋白质等营养物质
脚趾甲中蛋白质的含量达97%以上，脚趾甲相当于皮肤的外延，从根部生长出的脚趾甲逐渐角质化，成为我们日常看见的样子，当蛋白质缺乏时，脚趾甲就会出现“营养不良”的症状，微微凹陷下去。
3、缺铁性贫血
缺铁性贫血的人也有脚趾甲凹陷的现象，血液中铁元素影响血红蛋白的合成，最终会造成人体各组织、各细胞供氧不足，而脚趾甲又是在人体末端，缺铁的症状更加明显，所以这也是脚趾甲凹陷原因之一。
4、真菌感染
常见的关于脚趾甲的真菌感染疾病是灰指甲，中医称之为“鹅爪风”，这种疾病的脚趾甲尖端会翘起，看起来会有些凹陷，其他症状有指甲增厚变黄，这两点更加明显。
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