北大现有1个国家实验室（联合筹建），12个国家级重点实验室，2个国家技术研究中心，14个教育部重点实验室，8个卫生部重点实验室和工程研究中心，13个教育部人文社科重点研究基地，在全国高校中居于明显领先地位。2001年，教育部在全国评选了964个国家重点学科评选，北京大学有81个学科入选，其中人文社会科学29个，理科27个，工科8个，医科17个，显示了绝对性的优势。在教育部学位与研究生教育发展中心2002－2004年举办的一级学科评估中，北京大学11个一级学科在全国各大高校和科研机构中排名第一，排名前五（29项）和排名全国高校第一（14项）的学科数居全国之首。值得指出的是，理学领域在全国高校中以七项第一（数学、物理学、化学、大气科学、地理学、地球物理学、生物学）两项第二（天文学、地质学）显示了北大自然科学基础研究的卓越实力；人文学科领域的中国语言文学、外国语言文学、哲学、历史学四个学科全部名列第一；医学领域5个学科全部进入三甲，工学和社会科学领域分别有三个和八个学科进入前五，基础医学、政治学、公共管理排名第一。
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