首先，你的概念错误。
豌豆花属于两性花，是严格的闭花自花授粉。用纯种高颈豌豆与矮颈豌豆作杂交试验，不是一定要对母本去雄，是因为对其中一株豌豆去雄，所以它成了母本（去掉雄蕊，只剩下雌蕊了）；而受以另一株豌豆的花粉，所以另一株豌豆则成了父本（花粉中有雄性生殖细胞）。因果关系弄颠倒了。实际上，孟德尔是选用高茎豌豆去雄作母本，然后受以矮茎豌豆的花粉，进行的杂交试验。
按你的意思，为什么要对母本去雄，难道对父本去雄？对父本去了雄，那还能叫父本吗？呵呵:)
然而，也不一定用高茎豌豆做母本，矮茎豌豆做父本。孟德尔也用矮茎豌豆做母本，高茎豌豆做父本，重复了杂交试验，但结果是一样的，后代是100%的高茎。
从方式上，区别在于一个叫正交，一个叫反交。后来也用正交和反交的结果是否一样，来判断某性状是常染色体遗传还是伴性遗传。如果正交和反交的结果一样，则是常染色体遗传，反之，则是伴性遗传。
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