根据你介绍的情况，我的建议还是按照税法规定进行操作比较合理（而且在税率降低后，对发票使用更严格要求了），即使用税控盘版软件的纳税人在发票商品项目比较多，一张发票面填写不下时，可以开具带清单的发票。
开具方法是：进入开票界面，首先点击清单按钮，建立清单的商品项目，建立完成后点击左侧保存，自动返回到发票界面。输入购货单位信息，点击打印，打印出发票信息后。点击发票管理，发票查询，查找到本张发票，点击查看原票，点击清单，显示清单信息后，点击打印即可。清单和发票都需要加盖发票专用章。
这样就避免了开两份发票、又不能恰好按预付款分开清单的难题了。
只要附清单的税控系统会有清单明细的，每次开都有清单，需要说明的可以在备注中注明
国家税务总局公告
2014 年 第 56 号
税务总局关于发布《融资租赁货物
出口退税管理办法》的公告
根据《财政部 海关总署 国家税务总局关于在全国开展融资租赁货物出口退税政策试点的通知》（财税〔2014〕62号），国家税务总局制定了《融资租赁货物出口退税管理办法》。现予以公布，自2014年10月1日起施行。
特此公告。
税务总局
2014年10月8日
融资租赁货物出口退税管理办法
第一章 总 则
第一条 根据《财政部 海关总署 国家税务总局关于在全国开展融资租赁货物出口退税政策试点的通知》（财税〔2014〕62号）的规定，制定本办法。
第二条 享受出口退税政策的融资租赁企业（以下称融资租赁出租方）的主管国家税务局负责出口退（免）税资格的认定及融资租赁出口货物、融资租赁海洋工程结构物（以下称融资租赁货物）的出口退税审核、审批等管理工作。
第三条 享受出口退税的融资租赁出租方和融资租赁货物的范围、条件以及出口退税的具体计算办法按照财税〔2014〕62号文件相关规定执行。
第二章 税务登记、出口退（免）
税资格认定管理
第四条 融资租赁出租方在所在地主管国家税务局办理税务登记及出口退（免）税资格认定后，方可申报融资租赁货物出口退税。
第五条 融资租赁出租方应在首份融资租赁合同签订之日起30日内，到主管国家税务局办理出口退（免）税资格认定，除提供《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第24号）规定的资料外（仅经营海洋工程结构物融资租赁的，可不提供《对外贸易经营者备案登记表》或《中华人民共和国外商投资企业批准证书》、中华人民共和国海关进出口货物收发货人报关注册登记证书），还应提供以下资料：
（一）从事融资租赁业务的资质证明；
（二）融资租赁合同（有法律效力的中文版）；
（三）税务机关要求提供的其他资料。
本办法发布前已签订融资租赁合同的融资租赁出租方，可向主管国家税务局申请补办出口退税资格的认定手续。
第六条 融资租赁出租方退（免）税认定变更及注销，按照国家税务总局公告2012年第24号等有关规定执行。
第三章 退税申报、审核管理
第七条 融资租赁出租方应在融资租赁货物报关出口之日或收取融资租赁海洋工程结构物首笔租金开具发票之日次月起至
使用发票的单位和个人必须在实现经营收入或者发生纳税义务时填开发票，未发生经营业务一律不准填开发票。 单位和个人填开发票时，必须按照规定的时限、号码顺序填开，填写时必须项目齐全、内容真实、字迹清楚，全份一次复写，各联内容完全一致，并加盖单位财务印章或者发票专用章。填开发票应使用中文，也可以使用中外两种文字。对于填开发票后，发生销货退回或者折价的，在收回原发票或取得对方国家税务机关的有效证明后，方可填开红字发票，用票单位和个人填错发票，应书写或加盖"作废"字样，完整保存各联备查。用票单位和个人丢失发票应及时报告主管国家税务机关，并在报刊、电视等新闻媒介上公开声明作废，同时接受国家税务机关的处理。
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