A、原核细胞不含染色体，不进行减分裂，因而其遗传不遵循孟德尔遗传规律，A错误；
B、正常情况下，一条染色体上含有1分子DNA，而复制后含2个DNA分子2条染色单体；又在复制过程中可能发生基因突变，也可能在减数第一次分裂的四分体时期发生交叉互换，所以在一条染色体上可能存在一个基因A（或a）、也可能存在两个基因A（或a）、还可能同时存在基因A和a，B正确；
C、两个具有相对性状的纯种亲本杂交，子一代表现出来的性状为显性性状，C错误；
D、基因的自由组合定律的实质是：在F1产生配子时，等位基因彼此分离，非同源染色体上的非等位基因自由组合，D错误．
故选：B．
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