据我了解你说的自来水厂应为市县卫生部门改水办实施的村镇改水工程的小水厂,其水质问题应由县卫生部门分管负责.
安全卫生部门跟环境部门,其实如果是生活用水的话是可以以危害居民身体健康给公安机关跟检察院打电话的,不过后两个单位太过于敏感,不到最后时刻不要轻易尝试
质监局、环保局、卫生防疫站都可以管