最初的日本版剧情设定于27世纪.公元2631年.一个神秘的陨星坠落于新西兰附近的虚构的加鲁加群岛.两年后的2633年.地球联邦政府获悉武装组织[红色猎鹰"在陨石坠落地点附近建立了军事基地并意图利用陨石内的异形开发毁灭人类的兵器.于是.地球联邦海军陆战队派遣其所属的魂斗罗小队的上等兵比尔·雷泽(Bill Rizer.1P)和兰斯·比恩Lance Bean.2P)前往摧毁[红色猎鹰"及异形.红色猎鹰的标志在游戏中表现为运载强化武器的工具. 在美版的故事情节中.时间改为现今.而地点改为南美的玛雅神庙.陨星的坠落时间改为三十年前.而主角的昵称改为疯狗和蝎子. 在欧洲发售的版本(名字为Probotector)的剧情基本和日本版相同.但是主角和一些敌人都改成了机器人.
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