129 来自黑衣组织的女子&大学教授杀人事件
哀登场的一集！
不过她的那场假哭，可真是汗倒了无数后来“补课”的同学啊！
哀趴在柯南身上哭得声嘶力竭，这大概是哀最本色的时候吧！
136~137 青色古城探索事件
柯南和博士失踪后，灰原带领着侦探团寻找他们。
步美：你为什么会这么了解柯南呢？
哀：不知道，到底为什么呢？
步美：难道……你喜欢柯南？
哀：啊？…… 如果我说是呢？
步美：这样我会很烦恼的。
哀：放心吧，我对他根本没有那种感觉。
步美：真的吗？太好了！真的是真的哦！
博士：最近的小孩真是早熟啊。哀讲得对，新一不会有事的，不需要帮助就证明他还好。
哀：你在说什么梦话啊？
博士：啊？
哀：你认为他是那种会消失几个小时，而让我们白担心的人吗？他一定是遇到什么事了，被这城堡里的某人给软禁起来，结果无法逃脱，或者早已经……被杀了……
138~139 最后的上映杀人事件
在看电影时，哀和步美因为睡着同时靠在柯南肩膀上。
还有镜子前的对白
哀：“咦 你一点都不在意吗？”
柯南：“……”
哀：“每天早上看到这个，都会起冷颤，问镜子里的自己，你到底是谁？”
柯南：“白痴，这都是你制造的药害的。”
哀：“也对，我也觉得很抱歉，害的追逐真相的你，就算什么都可以照出的镜子，可是却无法照出真实的样子。”
156~157 本厅刑事的恋爱物语2
哀：不会错，她开始发觉你的身份了。如果你再继续隐瞒下去的话，根本没意义，只会伤害她而已。
柯南：你……为什么要告诉我这件事？
哀：哎呀~能够看透邪恶的你这双正义之眼还是不能明白女人心……
柯南：女人心？
哀：她爱上你了，自从第一次见面之后……看来你并没有发觉……假面超人！
176~178 与黑衣组织的再会
柯哀的重头大戏！
中间哀喝了点白干，变回志保，被Gin打了N枪……
哀变大前被关在一个酒窖里，
变大后，柯南问她，你穿衣服没？
哀骂他是色狼。
最后酒窖着火了，柯南背着哀逃离了现场。
188~193 危命的复活系列
柯南受伤，小兰的怀疑，哀的警告（真是吓坏了柯迷啊），服部假扮新一，新一的归来，哀化装成柯南……
新一问哀：“你为什么要为我做那么多呢？”
哀脸红了……
212~213 蘑菇、山熊和探侦队
光彦喜欢上哀了……
不过，柯南说“那家伙决不是你能追到的对象。”……
230~231 谜一样的乘客
开头柯南怀疑一个人是黑衣组织的
哀说不会，组织里的人有一种特别的味道
结果柯南抓着灰原的胳膊闻味道……哀很无奈的说：你正经一点行不行？
最后哀差点想不开了……
当然是被柯南在炸弹爆炸的前一刻给救了出来
柯南对哀说的那一句话，意味深长啊：“不要逃避，灰原。不要逃避自己的命运。”
233~234 无法消失的证据
小哀抱着道尔的样子……两个都好可爱
还有一只叫柯南的狗，两年前挂掉了
柯南很郁闷吧……
246~247 陷入网中的谜团
哀：不是鲨鱼，对方是只海豚。没错，海豚是海洋中最受欢迎的哺乳动物，如果是从又黑又冷的海底逃出来的鲨鱼，根本不能和它相提并论。
最后在柯南的推理之前，哀把变声器送了过去。
269~270 犯罪的纪念品
哀：果然，你还是什么都不肯说啊
柯南：啊？傻瓜，那不是也彼此彼此吗？
哀：也是啊
哀（内心独白）：被正义感所驱使，不考虑任何后果的追求事实的真相，为不让任何人受到伤害，自己背负一切。你这种像少年一样的天真性格，我有着刻骨之深的兴趣。但你知道吗，你这种正义的浩然之气为她和我，还有你自己，带来了这种孤独与危险，工藤君。
279~280 迷宫的阴暗
哀：你不是说过的吗？
柯南：……
哀：不要逃避，你不是说不要逃避自己的命运吗？
柯南：……
哀：你说过你会保护我对吧
柯南：呃…… 嗯
哀：不过我可不是什么温室里娇弱的花朵，我不需要你的保护！
294~295 爱与决心的必杀球
柯南（独白）：这次一起来的还有一个人，非常少见的人。
哀：有什么事？
柯南：啊啊……没什么。
哀：这样啊……
柯南：不过，你以前遇到这样的活动，总是说没兴趣，不参加。这次为什么来了呢？
哀：没什么特别的意思，博士啰哩啰嗦的说让我来。另外，不在你身边的话，你就不能保护我了。
柯南（突然坐直）啊……
哀：开玩笑啦
柯南：什么啊……
301~302 恶意与圣者的游行
哀：我是黑衣组织的女人……
柯南：……喂（同时出现半月眼）
304 震动的警视厅 1200万人质
前面哀的推理真是不输柯南
小哀安慰步美得那一段也很不错，即使是在最危险的关头，小哀，依旧给了柯南足够的信任
309~311 与黑暗组织的接触
博士：在洗澡叭……
柯南：正好
博士：正好？新一……你不是……想要偷窥？
柯南：喂…… （做半月眼状）.
柯南为了躲避Gin和Vodka，钻到了储物柜里，结果睡了一个晚上……
329~330 被挑拨的友情
还可以的一集，最后，步美终于叫出了“小哀”哦
其他人想叫的时候，被灰原制止了……
335~336 东都显像所的秘密
有希子看出了小哀的感情哦，到底是妈妈啊
少年侦探团还在一起睡觉哦
还有后来柯南问哀脸上沾了什么时
两人的表情还真是搞笑啊
338~339 4辆保时捷
哀感冒发烧了
因为是假日所以带她去某商场附近的诊所
下车的时候柯南要伸手去扶小哀，结果惨遭拒绝
小哀冷酷地说：“不就是下个车吗？我自己还是可以的，不要小看我。”
340~341 厕所隐藏的秘密
不错的一话哦，先是哀生病了，柯南来照顾她，哀醒来时发现博士的“血”（其实是番茄汁）
柯南：假哭你很拿手，装睡可就很差劲了。你这家伙，干什么啊？明明特地来给你煮粥，还摆架子吗？
哀：没什么，又不是我让她来的
柯南：不过我也不是不知道你不是很习惯小兰这种喜欢照顾人的类型。她好容易辛辛苦苦煮的粥，在冷掉之前赶快给我吃掉。
哀（心里想）：你还是不知道。什么都不知道。不过我也并不希望你知道。（某柯你个EQ为负的白痴……）
柯：我只是有不祥的预感，所以到这里来看看你，我说是来帮忙照顾你的，不过好像是杞人忧天了，所以你可以放心地去睡了
哀：（微笑）
最后两人找到了明美留下的录音带，中间有哀的母亲给哀的一段话哦
柯南也祝福哀：太好了灰原，你的妈妈是真正的天使呢。
345 工藤新一与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
主线剧集！
柯南在有希子的帮助下假扮灰原哀，与黑暗组织正面对决，情节跌宕起伏。组织的重要成员贝尔摩得登场，与柯南、FBI调查员之间展开了多角对决。柯南因为朱蒂遭枪击改变了原来的计划，谁知祸不单行，小哀却在关键时刻突然出现，而贝尔摩得更是用枪直指小哀，“Welcome， Sherry！”小哀危在旦夕……
348~349 爱与幽灵与地球遗产
最后小哀说那不是幽灵，是岚烟，在山上和飞机上经常能看到时，柯南经典的月牙眼又来了。
366~367 可预见的码头的惨剧
还有中间一幕哀殿钓到鱼的情景好有爱的。
最后哀殿的那句话：“感觉被烫伤了……”，真是有些许伤感。
373 剧毒蜘蛛的陷阱
最后哀把柯南涮的又蹦又跳高喊“灰原灰原，快来帮忙！”
374~375 星星和香烟的暗号
柯南拜托哀装肚子疼
403~404 不可思议的天使公馆
最后车上柯哀的那个对视，很好的柯哀镜头。
411~412 神社鸟居的暗号
柯南一开始竟然没解出来呢，灰原和博士共同想出的暗号
他也有栽的时候，呵呵~~
427~428 充满神秘的上学之路
柯南为了保险起见，把自己的帽子借给了哀。
435~436 侦探团的特别专访
柯南高调的推理后，哀提醒柯南应该注意没听过他推理的小林老师的反应。
哀：……你应该收敛点啦。
哀（卖萌的模仿）：“啊呀呀”这样、“好奇怪啊”这样的有点傻的小孩样子。
柯（月牙眼）：你啊……
后面哀还“咳咳”的提醒了柯南很多次。
443~444 叹气拾潮
哀适时冷静的言语，同柯南的配合真是默契啊。
大多是柯南出现在犯人面前的时候，哀抱着手肘站在他的左边。
460 1年B班大作战
挺温馨的，没有所谓的事件。
老师为了团结班上的同学。
策划了一个小游戏。
小哀引导大家完成。
最后小哀说终于体会到了柯南的辛苦。
478 真实的30分钟
柯南，兰，还有小五郎约定到一家餐厅吃饭
因为时间还早，大家先解散自由活动
案件当然不会放过这个好机会
直接找上他……
哀拍柯南的肩膀，柯南吓了一跳。
然后二人默契的破了这个案子。
483 消失了的巡警
最后二人有段超萌的对话，引起无数猜想，好像柯南有意识到……
484~485 黑色照片的去向
某柯要哀酱在车里呆着，哀酱那女王，怎么会听某柯的……
486 从左到右的招财猫
开头哀站在柯南肩膀上救小猫，可惜某柯身高有限，哀的“女王一踩”，那可是柯南的大头啊，还有她的话……
501 红与黑的碰撞嫌疑
哀：说起来那个赤井我很感兴趣呢。
柯南：什么？
哀：无论怎么样，他可是个愿意听取小学生意见的FBI 呢！我很感兴趣呀！
柯南：。。。
哀：有什么原因不能让我见吗？
柯南心想：不能说啊。难道让我告诉你他是为了潜入组织接近你姐姐，并导致你姐姐死亡的人吗？！而且你也许还认识他！
哀：不会吧，那个人难道是...
柯南紧张ing
哀：那个人不会是loli控吧！
507 卡拉OK厅的死角（前篇）
案子没什么，有点关于主线的事
开始柯南找书找不着
一只手把柯南的脸弄向一边
510 柯南VS W暗号推理
柯南把房子借给冲矢昴，女王愤怒了所以开始斗嘴。
柯南说“既然是福尔摩斯迷那么大哥哥一定是好人”，哀郁闷的豆豆眼很有爱。
511 推理对决！新一vs冲矢昴
虽然哀的出场很短但是看着推理中的某柯时眼神很默契。
518~519 明治维新神秘之旅（探索篇、解决篇）
开头两人一唱一和抱怨的那一段还不错。
522 新一的真实身份与兰的眼泪
能在新一将要变回柯南的关键时刻哀的出现无疑是大救星的角色。
当时新一正躲在厕所，身体正要变回去，兰听到新一的呻吟想要一探究竟。哀及时把解药给了柯南。
524~525 憎恶是蓝色的火花
柯南因为冒犯到哀，哀酱很生气啊~
整个画面好阴影啊，某柯不寒而栗啊
哀因为怕静电让柯南开车门那会也挺好笑！
某柯竟然反问哀，问她是女王吗？
最后哀用某柯教的办法消除了静电，心情大好，跟侦探团一起玩博士最新发明的电脑游戏时一路领先
某柯很惊讶：“这家伙心情一好还真恐怖呢~”
533 唤醒记忆的伤痕
哀的头发的颜色变了……
虽然哀的镜头不多，但还是帮了某柯的大忙。
543 鱼儿消失的一角岩
少年侦探团和哀帮助了柯南与冲矢昴破案。
最后冲矢昴的话真是莫名其妙。
使得哀最后怀疑他就是Bourbon
557 与危险同行的两人
柯南：不至于那么棘手吧，让那家伙打车去接你不就好了。
博士：那家伙？
柯南：那家伙啦那家伙。反正她正在你家里看家吧，那个目光冷淡的呵欠女。[吃橘子中]
哀：真是不好意思[某人吃橘子噎到，然后跌坐在地]，我是目光冷淡的呵欠女。
哀（怀疑冲矢昴）：你该不会是……故意把那个男人关在家里，然后打算监视他吧，用我当诱饵，看他是不是会有所行动。
柯南：傻，傻瓜，我怎么会这么做。
哀：总之，你能不能随便找个理由，把他从你家里赶走，说不定就是那个人提供情报，让组织知道了我就是背叛组织的雪莉，还有本应已经死亡的你还活着这件事都暴露给组织了。没错，为了秘密消灭我们暗中做着各种准备，或许此刻组织的刺客已经到我们的身边了。（车喇叭声音）
哀：看来我们好像能回去了。在我们回来之前，你最好想好赶走那人的理由。
柯南：喂……灰原…… （被哀挂电话……）
568~569 白鸟警部樱花的回忆
电影过程中发生地震，步美和哀都有害怕的抓着柯南的手臂哦，柯南也很不知所措。
571~572 妖怪仓库中的夺宝战斗
又是有爱的关于侦探团的事件，柯哀越来越默契了哦，手法也很新鲜，值得一看！
587 基德VS四神侦探团
哀（想）：别在睡下去了，把你的智慧……
柯南：白色……（柯南躺在地上，小哀穿的是裙子）
哀：啊？
步美：柯南你醒了？
柯南：这个姿势实在是很悲剧啊……
哀：是啊……不该看的东西你也都看到了……
柯南：啊，那是意外……
哀：色狼！
少年侦探团：？
柯南：白痴，真正的色狼是不吭声继续趴着看的……
591 水族馆之家
步美：啊，快看快看，小哀，好漂亮的鱼啊！
哀：嗯，简直就像宝石一样。
柯南：好难得浪漫一下嘛~
哀：一个水槽一个月到底要花多少水费啊，还真是活着的宝石呢……
柯南（半月眼）：你啊……
597~598 温泉密室的剧本
步美和哀去泡温泉，看见尸体后，步美大叫，柯南急急忙忙赶来，结果哀和步美全身都……
中间破案过程中，哀生气的模样好萌，都是某柯不经大脑的话惹的。
614~615 日记演奏的秘密
柯南叫小哀挡住孩子们的视线，配合默契。
622~623 紧急事态252
这集中哀为了让步美他们报警，牺牲自己当诱饵引开绑架犯。
624 初恋的录像带
哀：就算再怎么小心，想要自己的命的来历不明的男人（画面上出现紫色背景镜片反光的冲矢君），悄悄潜入自己隔壁的案例也是出现过的呢。
柯：你这是指昴先生吧。你这么不情愿的话，就来侦探事务所借住好了。
哀：不—要——！
631 花卉钟知晓一切
小哀在柯南推理插插话，越来越默契了。
643 和歌纸牌千钧一发（后篇）
步美问小哀是不是明白了，因为哀露出和柯南一样的表情
648~650 侦探事务所笼城事件
柯南是万能主角，通过电话都能破个案，拯救一干人性命，
不过这还是需要小哀在一旁的协助，电脑高手就是好。
656~657 博士的视频网站
可以看看小哀的女王表现~
663 追逐深山锹形虫
小哀又协助柯南破案子，而且有一小段柯哀单独戏份。
664 名犬cool的功劳二
动画原创，柯哀合作满满很有爱，亮点在片尾曲后。
672 侦探们的夜想曲（诱拐）
哀那紧张柯南的小表情啊，很有爱。
675~676 一丁点都不原谅
在夕阳作为背景下看柯哀默契合作感觉很不错！尤其片尾曲后的小哀和小柯的对话。
684 泡沫、蒸汽和香烟（前篇）
开头哀忘了东西，柯南陪她回家拿，之后本想让毛利大叔送他们去，结果这家伙宿醉起不来了，两人不知道怎么去滑雪场
柯南：可恶已经7点了
哀：所以我才说嘛，忘记东西的人是我，我自己一个人回来就好了
柯南：说什么傻话，怎么放心一个小孩自己在外面走，被绑架了可糟糕了，所以我才跟来的
哀：我又不是真的小孩子。
柯南：（外表就是小孩子好吧）
哀：那你想怎么办，坐电车确实能赶上，但专车要花相当长的时间呢。到那边也要傍晚了
柯南：没办法啊，也没有别的选择啦
哀：不是有么？可以让昴先生送我们去
柯南：哎？？？（汗）但是可以么？
哀：没关系吧，反正他总是很闲的样子
柯南：（半月眼，汗）不，我是说你不是一直非常讨厌他吗？
哀：不能总是这么任性，挑三拣四，又不是小孩子
柯南抢白：（激动）外表本来就是个小孩子嘛！（之后一愣，为自己的激动感到疑惑）不过这种情况就和外表无关了啊（思考，之后九点眼神看着抬头的哀。）
哀抬头看昴家窗口，心理：况且、、那个人说不定是……
686 载了定时炸弹的汽车
柯哀的夫妻相镜头都有不少，中间有一个哀坐在车里露出柯南经典表情的镜头。
687 无人能破的冰之陷阱
小哀被称“傲娇娘”，柯哀配合默契。
696 花坛破坏者的阴谋
柯哀的默契合作和夫妻相倒是萌死了。
698 不会吧！UFO坠落事件
很有爱的一集动画原创。柯哀配合也挺多的。
期间有几个哀望着柯南的镜头，还有一个是望着柯南笑了的特写。
最后夕阳照射在犯人脸上，小哀露出的悲伤表情和柯南难得一见的略带落寞表情挺默契的。
699 逼近灰原秘密的黑影（前篇）
柯南：啊嚏~
步美：柯南君感冒了吗？
柯南：昨天小五郎叔叔一直阿嚏阿嚏的，可能是被传染了吧。
哀：我说你倒是戴上口罩啊。
柯南：呵呵，我没有啊。
柯南：这个我记得好像是……啊！！！
哀：给你这个，感冒药。
柯南：喂，难道说刚才那个药……
哀：嗯，APTX4869的解毒药。我想着以防万一就带来了。
柯南：那为了以防万一的时刻到来，能不能也给我呀。
哀：不行，我不会交给你这种不管何时何地都会为爱巨大化的侦探的。
柯南：好了，快给我吧。
柯南：你就算拿着也没意义的吧。
哀：等等……（突然尖叫）啊！色狼！
光彦：你干什么呢，竟然欺负女孩子!
步美：太过分了!
柯南（豆豆眼）：不是，被欺负的是我啊。
哀瞥了他一眼，打了个哈欠。
柯南：你这个家伙啊……
700 逼近灰原秘密的黑影（后篇）
志保绊了柯南一脚“慢死了，亏我还相信某人一定会来救我的，一直在等着。”
701 漆黑的特快（发车）
步美：小哀，你的感冒还没好吗？
哀（斜眼看柯南）：嗯，因为某人的病原菌太顽固了。
柯南（斜眼看回去）：那你就在家里睡觉好了。
世良出现，哀把帽子戴上，某柯下意识向哀靠近以便保护。在车上，世良靠近哀，哀惊恐地躲在柯南身后。
705 密室中的柯南
柯南：你是以你的方式道谢吗？
哀（脸红）：你是笨蛋吗？
博士：哎呀，小哀可是傲娇型的啊！
柯南：什么时候才是娇啊？
剧场版
《世纪末的魔术师》
步美在自家阳台上遇到了KID，第二天在柯南面前谈起，柯南极其不屑的哼了一声。
哀：那么你这个平成年代的福尔摩斯打算怎么办呢？
柯南：笨蛋，我当然总有一天会让他束手就擒。然后狠狠的踢了一下足球。
之后的一段小哀就没怎么出场了。当然，博士的冷笑话在柯南不在的时候，就只有小哀能解出来了。
在喜市先生的城堡里，托小哀的福，少年侦探团才找到了密室的入口，也是靠哀的提示柯南知道青兰就是史考兵。还有，密室的出口被堵住了，小哀冲毛利大叔一声嚷，那个女王气势啊，毛利大叔就只有“Hi ”的份了。
《瞳孔中的暗杀者》
毛利兰失忆之后，少年侦探团出动，暂时改名为“兰姐保护队”。哀看着柯南，说了句很是伤感的话：“若是这样的话，我也想失忆，忘掉所有的一切，就做一个单纯的小学生灰原哀多好。这样，就能够永远和你——保持现状……”说这句话的时候柯南瞪大了眼睛。说完之后，哀笑着说：“开玩笑的，心情好些了吗？”柯南尴尬一笑。
最后，柯南的脸擦伤，哀拿出自己的手绢递给他，说了句“太好了呢，总算没事了。”
《通往天国的倒计时》
哀因为思恋姐姐所以晚上偷偷打明美的电话，想听听姐姐的声音（电话答录机）。不过因为琴酒和伏特加正在明美的家搜查，差点通过打来的电话定位了哀的位置，关键时刻电话线被小柯拔了，所以有惊无险。
柯南：果然你在给你的姐姐宫野明美打电话。
哀：工藤君。
柯南：你的心情我很理解，不过这样做是很危险的。
哀：我的心情谁都不会理解的！（泪奔）
柯南：灰原！
第二天上学途中
哀：昨晚对不起，我也知道那很危险，这个习惯得改掉才行。话虽如此，不过每次觉得一个人寂寞害怕得不得了的时候，就会不由自觉的拿起电话筒，只想听听那不到十秒的姐姐的声音。
柯南：笨蛋，你可不是一个人啊！
哀：啊？（迷惑状）
哀：不过我想也差不多是时候了，我不会再打了，电话留言也消除了，所以你不用担心了。可是，我常常在想，我到底是谁？我的容身之处在哪里？到哪里都没有容纳我的位子……
柯南：嗯。（思考状）
少年侦探团：！@#￥%#%……#
柯南：看吧，都说不是一个人的嘛！（微笑）
最后哀想要牺牲自己救大家，幸好被元太和光彦救了。
《贝克街的亡灵》
小哀牺牲自己救了柯南，在危急关头鼓励柯南：“如果福尔摩斯没有出现，你就是我们的福尔摩斯。没有任何案子是福尔摩斯不能办到的是吧。”
《银翼的魔术师》
最后小哀“工藤，看来你的字典里也没有‘不可能’这三个字！”
《绀碧之棺》
哀：“诶呀，我什么时候成了你的助手了？”
柯南：“不，不是我的助手。是搭档。”柯南的这句话让小哀一愣，同时也和战栗的乐谱中小哀说“我相信他，作为搭档”相呼应。
《战栗的乐谱》
在最后关头，哀向柯南吹出几个音阶，柯南马上明白了是“shoot ”（狙击）
最后案件解决后哀的内心独白：“我相信他，作为搭档。”
《漆黑的追迹者》
当柯南知道黑色组织又一次出现时，故意不让哀知道。
《天空的遇难船》
哀将情报偷偷用藏着的侦探臂章提供给柯南，却被发现然后被打。
《沉默的15分钟》
全剧柯哀配合默契。尤其是中间柯南和小哀为了救少年侦探团、两人在同一张滑板上滑雪赶路的那一段。还有最后柯南从雪中被救出时，哀笑了说：“你还真是一如既往的顽强呢。”
《第11个前锋》
小哀狂摸柯南的头，让他去洗头。而在结尾处当步美失误把最后一个可以解除爆炸的球踢到废墟里以后，哀的出现让事情一下子有了转机，隔着几米的废墟，哀依旧顺利将球传给柯南，最终才解除了爆炸。
《远海的侦探》（预告）
在新的剧场版中，新兰平和戏偏多票房居高不下，但是极少数的柯哀戏还是很值得广大柯哀迷期待。目前正在台湾上映，不过日本本土票房也已超过M15。希望柯哀在下次剧场版中有突出表现。
ova
ova7 阿笠博士的挑战书
阿笠博士给了少年侦探团好多谜题呢，柯南和小哀的合作真是默契啊，很有感觉。几个小孩子吵吵闹闹，柯南和小哀好无奈啊……
ova11 来自伦敦的秘密指令
柯南他们去了伦敦，小哀在步美家，因为步美想吃小哀说的那种三明治，就拉着小哀去了一家大超市，出门前甚至画了妆。光彦怀疑小哀是以前在杂志里的偶像，并且谎报年龄（以下引起一大堆剧情）。片尾曲的最后还有一张小哀和步美很可爱的图片。
ova12 传说中球棒的奇迹
小哀在看了占卜杂志上说的“一定要引起自己在意的人的注意！！预感会有新事情发生 看来能有一个快乐的春天 幸运道具是：和往常不一样的自己”后，戴上黑框眼镜改变形象，并且屡次整柯南，很有爱。
主线：
1 云霄飞车杀人事件（Gin&Vodka初次登场，让新缩小变成了柯南）
2 董事长千金绑架事件（阿笠博士知道柯南身份，工藤新一化名江户川柯南，转入帝丹小学。）
4 大都会暗号地图事件(少年侦探团成立)
13 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美被警察逮捕）
43 江户川柯南诱拐事件(工藤夫妇得知柯南身份。)
48-49外交官杀人事件（服部平次登场,新一第一次回复）
52雾天狗传说杀人事件（柯南得知了琴酒和伏特加的代号） 54 电玩公司杀人事件（Tequila登场,被炸死）
57-58 福尔摩斯迷杀人事件(服部发现柯南身份）
128 黑衣组织十亿元抢劫事件（宫野明美被组织杀害）
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件（灰原登场亮相。柯南第一次知道了药的名字是APTX4869）
170-171黑暗中的死角（新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。新出正式登场）
176-178与黑衣组织的再会（灰原解释了APTX4869原来是细胞程序性死亡。Vermouth在这里第一次露面。皮斯克与灰原的父母很熟悉，药的开发在灰原父亲的时代就开始了。GIN提到了“那位先生”，在以后会经常出现。灰原第一次恢复）
188-193 危命的复活（新一第二次恢复）
226-227格斗游戏的陷阱（茱蒂首次登场并与柯南相识，并看见他借助园子破案。）
230-231神秘的乘客（Vermouth再次露面，假扮新出与灰原同车。赤井秀一出场）
242 元太的灾难（灰原哀提到琴酒是左撇子。）
253-254 本厅刑事恋爱物语4（新出医生（贝尔摩得假扮）可能发现了柯南分析案情并利用变声器。）
258-259来自芝加哥的男子（詹姆斯·布莱克登场）
269-270犯罪的遗物（贝尔摩得偷走与毛利小五郎相关案卷，为了解新出的案子，并把FBI的注意力转向毛利，片尾赤井秀一监视侦探事务所，贝尔摩得计划得逞）
271-272 隐藏匆忙中的省略（茱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI；在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（赤井秀一）；在故事结尾贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片）。
277-278 英语教师VS西部名侦探（柯南基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里丝，并与服部平次一起去茱蒂公寓试探，未果。在最后茱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样。柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。）
286-288 工藤新一NY事件（兰和新一救了Vermouth假扮的银发杀人魔。毛利兰初见赤井秀一）
289-290 光彦森林迷失记（灰原透露沼渊己一郎是组织成员）
307-308 遗留的无声证言(小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记)
309-311 与黑衣组织的接触（黑衣组织再度出场，柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危机，可最后不知是GIN放水还是疏忽，柯南侥幸逃过一劫。）
329-330金钱买不到的友情(阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。)
335-336 东都现象所的秘密(赤井秀一跟踪柯南和灰原，最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识)
338-339四台保时捷（博士借茱蒂的车将灰原送回了家，并找来新出医生给感冒发烧的灰原看病。Vermouth和茱蒂都发现灰原住处）
340-341 厕所里隐藏的秘密（灰原在父亲好友的设计所厕所里发现了姐姐留给自已的录音带。贝尔摩德在博士家安装窃听器，之后贝尔摩德打电话找组织成员“卡尔多瓦斯”来帮忙，正策划着某项行动。）
343-344便利商店的陷阱（茱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务，不过在兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片）
345 与黑衣组织的直面对决 满月之夜的二元推理（vermouth，茱蒂等人身份揭露，vermouth放弃追捕雪莉，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事同时柯南听到了贝尔摩德给那位先生发邮件时的按键音。）
346-347寻找屁股上的印记（灰原哀拒绝了证人保护计划。）
361-362 帝丹高中校园灵异事件（真正的新出医生回归。）
374-375 星星和香烟的暗号（山村操给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县）
385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（柯南知道boss的邮箱号，为七个孩子）
394-396奇异屋宇大冒险（柯南已经得知boss的手机号）
425 黑色冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间（Kir、Chianti、Korn登场。黑衣组织的杀人计划遭到FBI和柯南阻止，Kir受伤昏迷，被FBI捕获。）
429-430无法回头的二人（本堂瑛祐登场。）
462-465黑衣组织的影子（柯南注意到贝尔摩德去水无怜奈出事的目击者家询问，本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查）
484-485 黑色照片的去向（柯南和灰原哀进行调查，得到一张本堂瑛祐父亲的照片）
491-504 红与黑的碰撞（小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑衣组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈就是本堂瑛海，代替被杀的父亲成为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。）
507-508卡拉OK包房的死角（本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。）
509 红白黄色与侦探团 F/C（水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本。冲矢昴登场，搬进工藤新一的房子。）
510 柯南VS双重暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴（柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真实身份与小兰的眼泪
523 真正想问的事 （新一第三次恢复）
542-543鱼儿消失的一角岩（灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。）
563-564侦探团VS劫匪团（脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现，右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。）
578 召唤危机的红色前兆
579 黑色与13的暗示
580 逼近的黑之时限
581 摇曳的红色目标（疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条，此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，说的话意味深长。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。）
616-621福尔摩斯的默示录（新一第四次恢复，并向兰告白。工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。）
622-623紧急事态252（阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑。）
646-647幽灵旅馆的推理对决（世良真纯登场）
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决（茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。）
656-657博士的视频网站（世良看到博士视频中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。）
667-668婚礼前夜（安室透登场，成为小五郎弟子。）
671-674 侦探们的夜想曲（冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。Vermouth给波本打电话，安室透，冲矢昴，世良真纯同时接到电话）
675-676 一丁点都不原谅(灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。世良真纯对工藤新一似乎早有了解，对灰原哀表现出兴趣，并关注伤疤秀一)
681-683 以性命为赌注的恋爱转播（结尾处安室透为高木的指导警官伊达扫墓，暗示两人曾是朋友)
684-685 泡沫、蒸汽和香烟（灰原的举动和二人对话表示，冲矢的颈部隐藏着某个秘密）
690-691 工藤优作未解决的事件（冲矢昴举止可疑，世良在房间中发现了女性线索，最后世良含泪回望柯南和兰，说：“果然我是个坏孩子呢。”）
699-700 逼近灰原秘密的黑影（侦探团被困，灰原迫不得已服解药恢复身体，被光彦拍下视频，被世良、安室、冲矢看到。）
701-704 漆黑的特快列车（世良真纯，安室透身份揭晓。黑衣组织再次出场，目标雪莉。怪盗基德受柯南所托假扮宫野志保进入最后一节车厢，车厢脱落后，贝尔摩德引爆炸药，基德乘滑翔翼逃走。后贝尔摩德发现Sherry没死但未向组织报告。安室透对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。）
705 密室中的柯南 （波本继续以安室透的身份出现）
706 在波本面前解谜（波本发现柯南使用手表型麻醉针，对其产生兴趣，并怀疑“沉睡的小五郎”与柯南之间的联系）
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