以总公司和符合独立核算条件的各级分公司为就地预交所得税的成员企业；
汇总纳税的银行保险企业，以分行(分公司)、支行及相当于支行一级的办事处(分理处)，为就地预交所得税的成员企业；
预缴所得税比例：
1）成员企业就地预交企业所得税的比例，一般为年度应纳所得税额的60%。
2）在经济特区、上海浦东新区、以及本部地区属于国家鼓励的汇总纳税成员企业，可按年度应纳税所得额的15%就地预交。
3）总机构各成员企业盈亏相差悬殊，就地预交税款与集中清算结果差额较大的，可由总机构报国家税务总局批准后，对个别影响较大的成员企业就地预交的比例予以适当调整。
2.亏损弥补：
分公司在总机构集中清算年度发生的亏损，由总机构在年度汇总清算时统一盈亏相抵，并按规定递延抵补，各成员企业均不再用本企业以后年度的应纳税所得额进行弥补亏损。
3.企业所得税汇算清缴：
根据《国家税务总局关于进一步加强汇总纳税企业所得税管理的通知》（国税发[2000]185号）、《国家税务总局关于印发《企业所得税汇算清缴管理办法》的通知》（国税发[2005]200号）规定；
分公司应在年度终了后45日内完成年度纳税申报，分公司向汇缴企业报送的资料，必须先经分公司的主管税务机关审核。分公司未经当地税务机关签字盖章的纳税申报，汇缴企业所在地税务机关不予受理。
分公司若未在规定时间内办理纳税申报，所在地税务机关应就地对其征收企业所得税。汇缴企业在年度终了后4个月内（经营人寿保险业务的保险企业，申报时间可延迟至年度终了后6个月内），向所在地主管税务机关报送下列资料，集中清算
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第十四条 分支机构按以下公式计算分摊税款：
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%
某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
第十五条 总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；
三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：
某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第（四）项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。
第十六条 总机构设立具有主体生产经营职能的部门（非本办法第四条规定的二级分支机构），且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税；
该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不得按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级分支机构，并作为本企业二级分支机构管理的，该二级分支机构不视同当年新设立的二级分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构、二级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级分支机构；
不视同当年新设立的二级分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
第十七条 本办法所称分支机构营业收入，是指分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等日常经营活动实现的全部收入。
其中，生产经营企业分支机构营业收入是指生产经营企业分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等取得的全部收入。
金融企业分支机构营业收入是指金融企业分支机构取得的利息、手续费、佣金等全部收入。保险企业分支机构营业收入是指保险企业分支机构取得的保费等全部收入。
本办法所称分支机构职工薪酬，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予各种形式的报酬以及其他相关支出。
本办法所称分支机构资产总额，是指分支机构在经营活动中实际使用的应归属于该分支机构的资产合计额。
本办法所称上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。
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一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构营业收入、职工薪酬和资产总额数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不作调整。
第十八条 对于按照税收法律、法规和其他规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额；
再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。
第十九条 分支机构所在地主管税务机关应根据经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）等，对其主管分支机构计算分摊税款比例的三个因素；
计算的分摊税款比例和应分摊缴纳的所得税税款进行查验核对；对查验项目有异议的，应于收到汇总纳税企业分支机构所得税分配表后30日内向企业总机构所在地主管税务机关提出书面复核建议，并附送相关数据资料。
总机构所在地主管税务机关必须于收到复核建议后30日内，对分摊税款的比例进行复核，作出调整或维持原比例的决定，并将复核结果函复分支机构所在地主管税务机关。分支机构所在地主管税务机关应执行总机构所在地主管税务机关的复核决定。
总机构所在地主管税务机关未在规定时间内复核并函复复核结果的，上级税务机关应对总机构所在地主管税务机关按照有关规定进行处理。
复核期间，分支机构应先按总机构确定的分摊比例申报缴纳税款。
第二十条 汇总纳税企业未按照规定准确计算分摊税款，造成总机构与分支机构之间同时存在一方（或几方）多缴另一方（或几方）少缴税款的；
其总机构或分支机构分摊缴纳的企业所得税低于按本办法规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按本办法规定计算分摊的税款差额分摊到总机构或分支机构补缴；
其总机构或分支机构就地缴纳的企业所得税高于按本办法规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按本办法规定计算分摊的税款差额从总机构或分支机构的分摊税款中扣减。
国家税务总局-《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》
除了内资独立核算分公司，其它分公司的企业所得税都由总机构或核算地汇总缴纳。汇总缴纳企业所得税的好处是，总、分支机构盈亏互抵后可以减少当期所得税支出，从而减少现金流出。内资企业独立核算的分公司，在分公司所在地缴纳企业所得税，企业所得税汇算清缴也同其它独立纳税人一样，经国家税务总局批准，还可以由总机构汇总缴纳企业所得税。本文主要介绍汇总缴纳企业所得税的分支机构如何处理企业所得税汇算清缴有关问题。
一、内资非独立核算分公司所得税汇算清缴
根据《企业所得税暂行条例实施细则》的规定，不能同时具备下列条件的分公司，为非独立核算分公司：
1）在银行开设结算账户；
2）独立建立账簿、编制财务会计报表；
3）独立计算盈亏等。非独立核算分公司所有的收益和成本，都计入总公司（或核算地）帐目。这种情况下，核算地统一计算盈亏，按规定预缴所得税，年终的企业所得税汇算清缴thldl.org.cn，也不需要审批。也就是说，非独立核算分公司不涉及到所得税问题。
二、独立核算分公司汇总纳税的企业所得税汇算清缴
根据《国家税务总局关于规范汇总合并缴纳企业所得税范围的通知》（国税函[2006]48号）的规定，经国家税务总局审批，独立核算的分公司可以由总公司汇总缴纳企业所得税，在这种情况下，根据《国家税务总局关于汇总(合并)纳税企业实行统一计算、分级管理、就地预交、集中清算所得税问题的通知》（国税发[2001]13号）的规定，总公司和分公司分别计算盈亏，年终由总公司集中清算，合并缴纳企业所得税。
独立核算的分公司是一个独立的所得税纳税主体，只是汇总纳税时，纳税地点不同而已，并且可以盈亏互抵后纳税。
1.分支机构就地预缴所得税：
以总公司和符合独立核算条件的各级分公司为就地预交所得税的成员企业；
汇总纳税的银行保险企业，以分行(分公司)、支行及相当于支行一级的办事处(分理处)，为就地预交所得税的成员企业；
预缴所得税比例：
1）成员企业就地预交企业所得税的比例，一般为年度应纳所得税额的60%。
2）在经济特区、上海浦东新区、以及本部地区属于国家鼓励的汇总纳税成员企业，可按年度应纳税所得额的15%就地预交。
3）总机构各成员企业盈亏相差悬殊，就地预交税款与集中清算结果差额较大的，可由总机构报国家税务总局批准后，对个别影响较大的成员企业就地预交的比例予以适当调整。
2.亏损弥补：
分公司在总机构集中清算年度发生的亏损，由总机构在年度汇总清算时统一盈亏相抵，并按规定递延抵补，各成员企业均不再用本企业以后年度的应纳税所得额进行弥补亏损。
3.企业所得税汇算清缴：
根据《国家税务总局关于进一步加强汇总纳税企业所得税管理的通知》（国税发[2000]185号）、《国家税务总局关于印发《企业所得税汇算清缴管理办法》的通知》（国税发[2005]200号）规定，分公司应在年度终了后45日内完成年度纳税申报，分公司向汇缴企业报送的资料，必须先经分公司的主管税务机关审核。分公司未经当地税务机关签字盖章的纳税申报，汇缴企业所在地税务机关不予受理。
分公司若未在规定时间内办理纳税申报，所在地税务机关应就地对其征收企业所得税。汇缴企业在年度终了后4个月内（经营人寿保险业务的保险企业，申报时间可延迟至年度终了后6个月内），向所在地主管税务机关报送下列资料，集中清算：
1）汇总总、分公司的《企业所得税年度纳税申报表》；
2）总公司及各分公司的《企业所得税年度纳税申报表》；
3）企业会计报表（资产负债表、利润表、现金流量表及相关附表）、会计报表附注和财务情况说明书；
4）备案事项的相关资料；
5）主管税务机关要求报送的其它资料。
采用电子方式办理纳税申报的，应附报纸质纳税申报资料。
统一计算的应纳所得税额，小于合计预交的企业所得税额的部分，由汇缴企业抵缴下一年度统一计算的应缴企业所得税额。
4.分公司技术改造国产设备投资抵免企业所得税的处理：
分公司技术改造国产设备投资可抵免的企业所得税额，以分公司就地预交的企业所得税按规定抵免。就地应预交的企业所得税不足抵免的部分，经当地税务机关出具证明，由汇缴企业在集中清算企业所得税时抵免。
5.分公司违法补缴所得税的处理：
分公司所在地税务机关对成员企业检查，查出的以前年度违反税收规定应补缴的所得税，按规定税率就地全额补征入库，不作为当年或以前年度就地预交的税款，不参与总机构的汇缴清算。
分公司不应该单独申报缴纳企业所得税。国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号）：
第二条 居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。
第三条 汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法：
（一）统一计算，是指总机构统一计算包括汇总纳税企业所属各个不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
（二）分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
（三）就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
（四）汇总清算，是指在年度终了后，总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。
（五）财政调库，是指财政部定期将缴入中央国库的汇总纳税企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方国库。
第四条 总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。
二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。
第五条 以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
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