以下解析来自B站
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实际上最后小圆脸已经认可了QB的理论。QB的问题是他没有情感，完全不会考虑到能源收集工作中当事人的感受。
所以小圆脸提出的问题是“一直看着他们的你难道从没有感受，从没有理解过他们的痛苦么”。
而小圆脸最终的愿望修正了能源收集工作的这一缺陷。而能源收集工作的本质上并没有发生任何改变，只不过被更好的伪装起来了。
而这个伪装就是小圆脸愿望的作用，可以给魔法少女精神安慰。但作用也就仅此而已。
新世界没了魔女以后就出现了妖魔。而旧世界从来就没出现过妖魔。我觉得这里是很明显的暗示。妖魔和魔女本源是一样的，只是一个东西的不同表现方式而已。那么魔女的本源是什么呢？
换而言之，旧世界的魔女怎么来的的，新世界的妖魔其实也是这么来的。只不过魔女诞生的那一刻被粉圆摸消了。于是魔法少女们甚至这个世界的QB都不会知道妖魔的诞生原理。
在旧的世界魔法少女死的时候就会痛苦么？魔法少女就会有心理负担么？真正的答案是“只有知道真相的魔法少女才有有心理负担”。而旧的世界真相很容易被人发现，粉圆的新世界，真相几乎不会被人发现。仅此而已。
为什么说粉圆其实认可了QB呢。因为粉圆的愿望是阻止魔女的诞生。为什么她不直接许愿阻止魔法少女的诞生？为什么她不直接许愿阻止魔法少女的牺牲。而只是许愿阻止魔法少女牺牲时揭露真相？QB和粉圆的对话，这段对话设计的很精妙的。最后一句是QB说的——“那你们还住在洞里”，之后粉圆没有再接话，没有再反驳。粉圆其实已经认同了QB提出的魔法少女牺牲的意义。粉圆只是没法接受“魔法少女牺牲还要背负骂名”这种事。
换个更直白的说法。粉圆认可了QB的家畜论，但是粉圆认为家畜的饲养和屠杀应该更人道一点……
从感性的角度来说。这个结局是很治愈的。所有人的痛苦都得到了终结。魔法少女们抱着积极的心态战斗抱着崇高的心态赴死。黑长直结束了无尽的轮回。粉圆改变了自己的宿命，虽然选择的命运很辛苦但是这是她的愿望她无怨无悔。
从理性角度来说。这个结局是完全黑掉的。粉圆实际上牺牲了自己，来编制了一个大的骗局，从而让QB的能源收集计划更为完善。该悲剧的魔法少女依然悲剧，只不过他们被假象蒙蔽而不知悲哀。
其次圆神并未改变规则，只是插入了几个环节，使得整件事看起来更加“人性化”而已。
在旧世界中，魔法少女战斗力竭(黑化绝望)--->变化魔女并构造结界--->成为魔女---->被其他魔法少女消灭
在新世界中，魔法少女战斗力竭(黑化绝望)--->变化魔女并构造结界--->在变化的一瞬间，圆神出现，对于未成型的魔女进行了直接消灭---->圆神将少女的灵魂带去了天堂(新世界中学姐她们出现的地方)----->根据善恶等价的原则，少女背负的“恶”聚集起来---->新生物“魔兽”产生---->被其他魔法少女消灭
对于12集结尾的一些个人理解：
(一)黑长直部分
①：黑色羽翼： 黑色羽翼中夹杂的那个诡异的构图，有种魔女结界的象征，这里暗示黑长直状态不稳定，或许即将魔女化
②：忽然看见圆神： 导致这个的直接原因，并不是因为所谓的“羁绊”，而恰恰说明了黑长直即将魔女化（参考新世界的规则），圆神准备来接她了（也有可能是黑长直精神接近崩溃时，产生的幻觉，但是两种解释导致的结果是相同的）
结合以上两点，得出结论：黑长直即将黑化
(二)城市部分
魔法少女的目标是保护城镇，并以城镇作为场所进行狩猎（学姐死后，QB叫来了红毛，可以说明每个城镇都需要魔法少女保护，同时也说明了，“猎物”出没于城镇中） 所以魔法少女并非是满世界打怪练级刷GS的，而是在固定的“特定范围”内进行活动的
在结尾部分，黑长直所在的背景并非城市，而是沙漠，这于上述推论不符合。
为了满足推论，只好得到这样一个诡异却又合理的结论：她们所处的城镇，已经由于某种特殊原因而毁灭了。 （关于毁灭的原因无法推测，不过圆神在新世界中，构造了一个“魔法少女的天堂”，或许基于善恶平衡原则，下端的城市会受到影响）
(三)能力部分
在新世界中，黑长直失去了控制时间的能力（从装备和战斗方式的变化都能看出来），所以她无法进行时光倒流，拯救城市，只能尽自己最大的能力进行保护（亲眼目睹毁灭而产生的绝望是巨大的，或许是她黑化的直接原因）
(四)QB的计划与魔法少女的命运
在结束的时候，出现了一排的SG,而小圆等人的SG在其中的中间部分，这说明她们既不是开始，也不是结束。 圆神的新世界，只是一个小小的插曲，是“善意的谎言”，QB的计划没有任何改变。在新世界，依然会出现各种各样新的魔法少女，命运并未得到改变。
(五)QB的角色意义
我觉得QB象征着“绝对的理性”，并未拥有“感性”，而在通篇故事中，少女们所拥有的感性，虽然产生了“意料之外的力量（奇迹）”，但终究还是受迫于理性。 小圆和QB那段关于家畜论的对话，就是“感性”屈服于“理性”的一个例子。
另外，灵魂宝石的黑化控制因素不是单纯的由战斗的多少进行量变到质变的转化，真正让灵魂宝石崩溃的是其拥有者的绝望。 或许说战斗的次数只是表面的一种变化，真正变化的是魔法少女的内心。另外，小圆的世界设定了除了内心外也可以用物质来改变来干扰，所以灵魂宝石可以进行净化，从另一个角度来说，是绝望的程度在减少。
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其次，红毛有一次找蓝毛单独劝导，述说自己战斗许愿为了自己的原因。嘛，其中一条大概是说，如果为了别人来祈愿，放弃自己所有的希望用剩下的生命为这个祈愿来战斗，一旦那个被祈愿者对自己不顾，那么自己迟早一天会崩溃的，固然有那个一定要实现的理由（其实这一点木想好，貌似不是这个意思且不够具体，但大方向差不多）。然而祈愿为了自己，自然是无怨无悔的。。。当黑暗到来时会想到，嘛，这都是自找的，或者说因为拥有黑暗才会有今天的满足和富有。。
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嘛，最后，偶为什么会说是只有为别人祈愿的魔法少女才会黑化呢？。。。举例来说，学姐木有黑化是因为认识到她所做的一切是别无选择，因为当时自己面临着即将的死亡，因此可以用惟一的希望来苦苦支撑不使自己的精神崩溃。。。。但是，不是说这样魔法少女不悲惨了，因为战死是迟早的事情。-------这样其实就有了魔法少女那一套严格的准入程序，不会出现大量为自己许愿的魔法少女导致不能进行能量回收。。。。。。因为人渴望得到自己的利益却面对生死抉择会患得患失。
最后小圆应该让魔女从此消失 而被固定在了宇宙中 那么新宇宙中的魔物又是怎么来的呢？
人类的负面情绪是不会消失的，世界的扭曲改变了形态，没有了魔女但是出现了魔兽，就是人类负面情绪聚集在一起形成的
小炎为什么最后会使用小圆的武器呢？
由于小焰的愿望是“拯救鹿目圆”，但是圆的愿望已经改变了整个规则，原先的愿望失效，而作为最后世界的继承者，小焰就失去了原先为圆许的愿望而获得的控制时空的能力，转而继承圆的形态，相当于填补了圆的空位
小炎长出了黑色的翅膀 为什么看上去她像是变成了魔女？
即用艺术手法来展现动漫的主题或实质，但其实并非真正存在于动漫的世界中，即与原剧情无关，作者做最后总结而已。象征意义请见http://tieba.baidu.com/f?kz=1059088356
http://tieba.baidu.com/f?kz=1062447840
小圆明明在宇宙空间里对小炎说过 地球上的人是不会 记得她 看到她 听到她声音的！可是最后小圆说的“加油啊”小炎却能听到 还笑了 结局的意思是不是说 小圆 不再受宇宙的限制 可以出来再次和魔法少女一起 保护地球了呢？
小焰是最后旧世界的唯一继承者，相当于与圆神交流的唯一通道，并非单纯的记忆，她所处的位置就是“代理者”。小焰和其他的人不同，其他的人被圆的新创的法则所修改，所处的是新的不一样的世界（参考蓝毛、红毛和学姐最后的表现），只有小焰是游离在这种规则之外的。结尾不是说圆还会出来并肩作战，毕竟所处的时空不同。结尾想表现的其实是通过物质-能量不灭定理，没有痛苦只是痛苦通过另一种形式表达，绝望不因为魔法少女的消失而消失。小圆脸重塑的世界仅仅是让魔法少女快乐的死去，其他并没有任何实质性的改变。
剧场版3里也就是晓美焰在新的世界里“对抗法则”后成功通向“天国”，与鹿目圆再次见面的主线
若还有不明白可以再次询问，打字这么多很辛苦啊……我觉得我的分析大概也没错了
你想得太多了，新宇宙中的魔物确实是人类负的情感所致，只是换了一种表现方式，替代了魔女的存在，这是小圆成为神所导致的世界的新的形势，至于小炎所用的武器的变化，我想那只是单纯的设定，毕竟世界以焕然一新，连丘比的使命、敌人的形态都变了，魔法少女所使用的技能的改变也不是不可能的事，毕竟世界的一部分的构成已经改写了。 后来小圆与小炎的对话正是突出了两人的羁绊，小炎的发带正是之前二人交谈时小圆留给她的礼物，我想这里可以理解为一个文艺的表现手法，当然，小圆已经是无处不在的、接近概念化的存在，要与小炎相接触也是可能的。剧场版中魔法少女五人战队在PV中出现了，所以剧场版应该是发生在新世界的故事，与TV版的设定应该是有区别的，具体内容我们大陆党当然是要苦命的等上很久，像青驱的剧场，我们也等了足足大半年，这次肯定也差不多啦，具体内容，现在只有好好期待了。
最后小圆应该让魔女从此消失 而被固定在了宇宙中 那么新宇宙中的魔物又是怎么来的呢？
答（不是魔物是魔兽，的确是人类的情感造成的
小炎为什么最后会使用小圆的武器呢？
答（既然小圆成为了神，没有人会记得她，所以小焰的愿望也不是与鹿目圆香重新来过）
只是为了纪念她吗？
答（具体不清楚）
为什么 小炎长出了黑色的翅膀 为什么看上去她像是变成了魔女？或者是驾驭了魔女的力量？
答（小焰的愿望换成了和小圆有关的，因为小圆吸收了所有负面感情，变成魔女，有自己杀死自己变成的魔女，有吸收了自己魔女的负面感情这样无限循环 所以魔女和小圆有关系）
小圆明明在宇宙空间里对小炎说过 地球上的人是不会 记得她 看到她 听到她声音的！可是最后小圆说的“加油啊”小炎却能听到 还笑了 结局的意思是不是说 小圆 不再受宇宙的限制 可以出来再次和魔法少女一起 保护地球了呢？
答（不是，小焰能记得是因为小圆在宇宙空间里把自己的发带给了小焰，所以小焰会保存这些记忆）
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