明朝南京六部形成的主要原因是历史遗留问题。和君主专制没有关系。朱元璋建立明朝后定都南京，因此南京是作为大明王朝的long 兴之地，其地位是无法替代的。之后明成祖朱棣靖难成功，出于对当时自己势力和对北方蒙古的考虑，决定迁都bei jing。但其依旧保留了南京作为首都，而称bei jing为“行在”（即皇帝所在），虽在bei jing又设立了六部，但南京六部仍然保留。此后的各个明朝皇帝也都不敢违背祖制，所以明朝一直保留了南京的中央部门。只是南京六部除了吏部和兵部都没有实权，成了官员养老的地方。
南京的六部其实只有五部。其实也没有多大作用
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