HXD3型机车使用六台YJ85A型交流电牵引电动机,该型电机由东芝负责设计,永济电机引进相关技术进行生产,每台输出功率1,200 kW。首批永济厂批量生产的YJ85A电动机为数312台,于2006年12月完成交付。 至2007年12月20日,永济厂在2007年全年共生产了1158台YJ85A型牵引电动机供193辆HXD3机车使用。
由于日本的新型电力机车主要使用功率较小的牵引电动机,负载轴重相对较轻,对轨道的压力比较小,所以路况不好的线路上也可以营运。 HXD3型电力机车均装配了六组由德国福伊特提供的SET-553型驱动装置。2006年,铁道部向福伊特批出总值1,450万欧元的合同,订购1,440组驱动装置,供首240辆机车使用。其中驱动装置的从动及主动齿轮已先后于2007年及2008年实现国产化。