我之前也碰到过类似的情况,一个出货合同分成了两个报关单。你的这种情况,我建议你:就直接按两张发票录入明细。因为,你有一个报关单,也相应对应1个核销单号,只不过是发票分成了2张,那你在退税系统录入时,就对应发票一一录入明细,这样是可以的。
你可以录入你的自己打印的商业发票的号码,也就是你的出口合同号。
在输入报关单的时候不是有项号的吗,用项号把报关单分开来对应两张发票。至于第二个问题,报关单上不是有双计量单位的吗,按那个分就行了