如果仅仅是想进行版本管理的话，用版本管理类的软件即可，如SVN等，还有其他一些版本管理工具，大部分都是开源免费的。如果还想进行进度跟踪、成本管理等，那就是项目管理了，可以考虑微软的project。应该是可以满足你的需求的！
推荐使用小超工程项目管理软件，C/S架构，提供二次开发，有试用版提供了解。
oKit项目管理软件，不二选择。内嵌Svn，方便易用
你说的叫版本控制工具用： SVN 还有cvs
