有商务入台证、护照和台湾通行证,通行证上是团签，去程准备从香港去台湾，那我返程可以台湾直接飞大陆吗

根据香港入境处规定，你持有大通证及赴台签注+入台证+香港机场去台湾机票 无需 港澳通行证和港签 就可以入境香港，你属过境旅客，在香港逗留期限至多7天。
从台湾返回大陆入台证被收回，你有大通证及提前预定好香港机场转飞上海的机票，不需要港澳通行证和港签也可以入境香港，逗留期限至多7天。
以上说的赴台自由行G签注的情况。
你拿商务签这么走也可以。必须使用港澳通行证+港签从大陆出境(内地边检认为你目的地是香港而非台湾)香港入境，再拿空白护照和入台证香港乘机出境往台湾。过深圳边检的时候你的空白护照、入台证和香港去台湾机票必须要藏好了！到了港方口岸区也是只要港澳证+港签就可以过关了。
入台证、护照在香港机场乘机去台湾办出境手续再拿出来。
被大陆边检发现你是拿大陆护照去台湾会有麻烦，香港是特区制度自由还好说。

香港飞机转机不用港澳通行证, 你只要买你家飞香港转台北的连票就可以, 回来也一样阿, 当然你有港澳通行证, 你也可以在经过香港的时候进入香港去玩, 再用港澳通行证及入台证乘坐飞机去台湾.回大陆也相同你的证件是齐全的, 随便你怎么走都可以 个那你没有大陆居民往来台湾通行证, 那你就先飞去香港, 或深圳去香港, 再乘机去台湾, 回来就可以直接飞香港转机回大陆

可以，去程要买分段机票，间隔3个小时以上，大陆到香港用港澳通行证，香港飞台湾用护照+入台证，回程可以直飞回国。

去程   某地出发-深圳机场-华通商务车-香港机场-台湾机场 带着有效机票和入台证以及护照即可。