健全农业生态环境补偿制度，是深入贯彻落实科学发展观的具体体现，是加强国家对农业支持保护的制度安排。健全农业生态环境补偿制度，要做好以下几方面的工作：（1）对耕地保育，建立耕地质量档案，按照土壤肥力的提高幅度给农民合理的补贴，安排专项资金大力推广保护性耕作。（2）对水域生态，鼓励推广应用节肥、节药、节水等资源节约型和环境友好型技术，推行农业清洁生产，控制农业面源污染，防止未达标的工业废水排入江河，推行农村垃圾的集中处理，控制农村的点源污染。（3）对森林、草原、湿地生态，继续落实退耕还林还草的各项扶持政策。按照政策对公益林的保护给予扶持和支持，加大对森林资源的保护和管理。继续实施草原围栏、人工草地、草地改良、饲草料基地等工程和项目建设，从政策上支持禁牧、休牧、跨区轮牧和牲畜舍饲养。加大对天然湿地保护的资金投入，防止天然湿地继续萎缩和消亡。（4）加强物种资源保护。增加物种资源保护的资金投入力度，强化原位保护、异位保护和专利保护，防止生物物种资源的破坏和流失，保持生物物种多样性。
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