漩涡一族 原生活在涡之国涡潮村、擅长封印术的家族,虽然族群规模不大,但也有着悠久的历史,生命力很强(延迟对死亡的判定),甚至强大到足以压制尾兽。红色头发是其标志性特征,当查克拉消耗过度后,头发会变白。村中居民多长寿,因此涡潮村也被称为长寿村。漩涡一族和木叶的千手一族为远房血亲,并与千手一直保持着深厚的羁绊。双方长期友好往来(木叶许多忍者的衣服上印有漩涡一族的标记)。但由于其它族群惧怕漩涡一族的封印术,因此群起而攻之,涡之国也随之灭亡。幸存下来的族人隐姓埋名,分散在世界各地。
宇智波一族 宇智波一族虽被木叶委以重任,但全族却越来越远离权利核心。族内对木叶高层颇为不满,时任族长的宇智波富岳计划政变,篡夺火影大位。宇智波止水本想以别天神阻止这场战争,不料团藏并不信任他,反而把止水的右眼摘走。止水为防最后一只左眼再落入团藏之手,将左眼送给鼬,嘱托鼬要为守护村子使用它,之后止水假装带着左眼投南贺河自尽。宇智波富岳长期令暗部分队长宇智波鼬为间谍深入木叶高层,打探机密。鼬亦不忍村内忍者互相残杀,将宇智波政变计划透给木叶高层。三代火影猿飞日斩希望通过谈判和宇智波达成和解,而时任暗部长官的志村团藏却有意剿灭宇智波一族,团藏以佐助相要挟。最终鼬决定配合面具男(实为宇智波带土)歼灭全族,但要求团藏放过佐助。灭族之后,鼬以间谍身份加入晓组织,继续为木叶打探情报守护木叶。而在灭族过程中,志村团藏、宇智波带土分别收集了大量写轮眼。这也为后来团藏、带土使用伊邪那岐创造了条件。
除了这两个氏族被灭外,其他(猿飞一族、两天秤一族、砂瀑一族、鬼灯一族、月夜一族、辉夜一族、日向一族、千手一族等等还有很多)的并没被灭