发证机构不同前者是商检发的，用来向海关申报说明货物已经经过法定检验合格可以出口后者是出口公司和报关机构出具的，用来向海关申报一批货物出口的申报单据。
出境货物通关单是出入境检验检疫局发的，是在货物出口时和出口货物报关单一起给海关看的.
很简单的区别的，不需要例子通关单是由商检局签发的报关单是由海关签发的。
通关单是货物进行完报检后,进出口检验检疫局签发的,有了通关单才可以进行报检
