内地申请入澳门特别行政区能保留大陆身份证吗?

不可以！
澳门法律规定：
任何人士均有机会获得澳门永久性居民的法定地位，不管他们是否拥有中国国籍。
按此规定，理论上是拥有中国国籍，同时也成为澳门永久居民。
但是，中国内地法律是这样规定的：
根据《中华人民共和国户口登记条例》，获准出国定居或因双重国籍、双重身份的，经查实後由公安机关主动实施注销本市户口。

因此，严格来说，当国内居民拿到澳门永久身份证，即拥有澳门永久居留权并到澳门居留後，是应该注销国内户口的。也就是说，实际行为上需要放弃内地居民的身份（中国籍），如果不注销户口，则无法办理回乡证（内地往来港澳）。

所以，现实情况是如果想成为澳门永久居民，势必要放弃内地居民的相关权利（没有户口，你的护照也没办法办理或者延期，所以也就不可能同时拿著两本护照往来各地），两者并不可以共存。
实际操作中，当然有很多可以操作的漏洞，比如得到永久居民以後不通知户籍所在地注销户口，不办理回乡证，使用港澳通行证往来（但是港澳通行证签注有效期有限，到期以後，澳门方面因为你已经是永久居民，无须此证而不会继续办理延期）。还有其他各种护照有效期漏洞等等，我这里就不多说。

中国居民只能有一个户口，如果申请了澳门户口就不再有大陆户口了

这种人是当初投资移民的，如果有人非要杠，请过来拱北口岸自助过关有一条护照通道是给同时持有澳门身份证和中国护照的人过关用的