行政事业单位，与私人企业是不同的，就是说，是否要违约金，与单位领导的利益没有多大的关系，你辞职，还可以再招人或者调人来，因此，一般是不会扣违约金的。当然，如果按合同扣除，也是可以的。如果辞职要扣违约金，可以和领导沟通一下。
