不能通过电阻来区分，应当分别将其中两个绕组开路，测第三个绕组的电感量，对比结果，电感量明显较大的那个绕组为初级绕组，即你说的输入端，剩下的两个绕组就是输出端，次级绕组。
你要是不懂开关电源的话应该看不出。如果懂的话，要看看板上的变压器和其他元件的连接，比如引脚有和一个高速二极管相连就极有可能是输出侧。
一般的电源输入输出写着IN，OUT字样，要没写的话，大概计算一下。
你的万用表应该有问题接触不良
