要具体问题具体分析，主要是看学校招生政策的具体要求，有的是不管专业，只要你过自主招生且达到他们院校在本省的提档线，会加分挑选专业，如果达不到本省提档线，就不再加分，只是录取到你的所选专业中可能是后面的专业中或者调剂专业。如果你有什么不明白问题可以给他们院校招生办公室（或者各省都有院校招生负责人）打电话咨询。
互不影响的吧，自主招生拿到的加分是对学校而言的，而不是专业，也就是说无论你选什么专业对于加分都是有效的。当然可以重填志愿了。
要看当时自主加分是对学校加分还是对专业加分
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