樱桃的根系因种类、繁殖方式、土壤类型的不同有所差异。中国樱桃的实生苗在种子萌发后有明显的主根存在，但当幼苗长到5~10片真叶时，主根发育减弱，由2~3条发育较粗的侧根代替，因此中国樱桃实生苗无明显主根，整个根系分布较浅。甜樱桃实生苗在第一年的前半期主要发育主根，主根发育到一定长度时发生侧根，根系分布深而比较发达。欧洲酸樱桃和库而岛山樱桃的实生苗根系比较发达，可发育3~5个粗壮的侧根。扦插、分株和压条等无性繁殖苗木的根系是由茎上产生的不定根发育而成，其特点是没有主根，都是侧生根，根量比实生苗大，分布范围广，且有两层以上根系，这是樱桃与其他果树的不同之处。
土壤条件和管理水平对根系的生长和结构也有重大影响。据调查，以中国樱桃为砧木的20年生大紫，在良好的土壤和管理条件下，其根系主要分布在40~60cm的土层内，与土壤和管理条件较差的同龄树相比，根系数量几乎多一倍。因此，在生产上既要注意选择根系发达的砧木种类，又要注意选择良好的土壤条件，加强土壤管理，促进根系发育。
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