解:由条件,令x=rcosθ,y=rsinθ,则0≤r≤4,z=f(x,y)=3r²-r³cos³θ≥3r²-r³=r²(3-r),z′=6r-3r²=-3r(r-2),可得z在[0,2]上递增,在[2,4]上递减,易知当r=4时,z最小为-16。即函数f(x,y)=3x²+3y²-x³在区域D:x²+y²≤16上的最小值为-16。