公元六世纪中叶，佛教从中国经朝鲜传入日本，其间曾引起正反两派不同意见的争执，自此开展日本佛教史新页。日本佛教的发展、演进，可略分为：飞鸟时代（公元546年至公元645年）、奈良时代（645至781）、平安时代（782至1192）、镰仓时代（1192至1333）、室町时代（1333至1600）、江户时代（1600至1868）、明治维新之后（1868至现今）七个时期。
日本佛教初期的建立，归功于圣德太子的推展，在他摄政的三十年之间，下诏兴隆佛法，创建寺院，亲自宣讲佛经及著疏，遣使入唐，将自朝鲜传入中国文化的途径，改为由日本直接与隋唐文化的交流，并以佛教为国教。推古三十三年(625)，高丽沙门慧灌抵日，弘传三论，开日本三论宗之始，门下俊杰甚多，三论便成为此期佛教的主流。另道昭入唐(653)，从玄奘大师习法相，为日本法相宗的初传。综观佛教于此初传期间，得到国家的保护，唯当时社会仍多以求神的心态奉佛，尚未进入真正的慧解与行持。
奈良时代传承飞鸟时代的护佛政策，以兴隆佛教来护国祐民。有圣武天皇热心推展佛教，兴建壮丽宏伟的东大寺，铸造世界有名的奈良大佛，并请唐鉴真大和尚设坛授戒，正式确立日本佛教的戒法，并推崇华严思想，以体现其政教合一的理念。本期佛教学风鼎盛，主要宗派有三论、成实、法相、俱舍、律宗和华严等六家，即所谓“奈良六宗”。各寺大多诸宗并存，研究者也数宗并学。唯其中以华严宗受圣武天皇的重视，具有优势地位。又法相宗人才辈出，成为本期佛教思想的主流。其他方面如写经、佛教文学、美术等，也同时盛行。综观此期佛教，着重人间性、国家性，并有学术发展的特色，在教理上传承于中国，尚无新论。
平安前期的佛教，以最澄和空海从唐朝传入的天台及真言宗最盛。最澄入唐，兼学密、禅、戒各宗，日本佛教因此具有复合性，融和而成日本特色的天台教。空海著有《辨显密二教论》，是最早的密宗教判理论书。至此，日本佛教已渐脱离中国的范畴，而发展出民族化的佛教。另在最澄及空海度唐前后，许多僧侣亦同时至中土求学，即所谓“入唐八家”，也闻名古今，所学皆与密教有关。因此，平安前期的日本佛教，可称为密宗的兴隆时期。又本期佛教深受贵族们所信仰，因此贵族青年皆以出家为风尚。
平安中叶之后，贵族与武士间的矛盾严重，佛教为保护寺产，征集武士为僧兵，于是佛教僧侣涉入了日本政治漩涡，奈良六宗衰微，末法思想产生，但也因对末法的警觉，佛教开始出现新的宗派。首先出现的便是含净土思想的念佛往生派，以空也上人与惠心源信为代表。因此奈良时代国家性、学术性的佛教，到了平安时代，便转变成民间化的佛教。
镰仓时代
平安末期经过惨烈内战后，由源赖朝于镰仓设置将军幕府，开展了镰仓幕府时代，亦拉开日本武家专政制度的序幕。在佛教方面，新兴宗派纷纷出现，奈良六宗亦有复兴之势，新旧佛教之间产生多元化的互动与影响。依发展时间先后约分三期。
室町时代
由于社会动乱之故，佛教亦由鼎盛而至衰微。唯有禅宗因武士的归仰及其“明心见性”的宗旨，所以能在战祸中一枝独秀的盛行于社会各阶层，也因此产生混合禅味的日本茶道、花道、书道和剑道。又禅宗高僧受到将军和武士的尊崇和拥护，也自然推动了“禅”的盛行。这时期最被推崇的是确立“五山文学”地位的梦窗国师与大灯国师。另外，净土宗、净土真宗、日莲宗等宗派，皆在创始人圆寂后，因思想正统之争，而逐渐分裂成许多派别，但仍受到许多农民信众的护持。室町末期，进入诸侯割据的战国时代，佛教形成两种不同的形势：一是与武士联合以适应环境的真言、天台等宗；另一股力量则结合被压迫的民众，如农民及下阶层人，以争取有利形势，如净土真宗及日莲宗等即是。
江户时代
战国时代的动乱结束后，德川家康在江户设置幕府，为使日本减少外国的压力与内部纷争，颁行“锁国政策”，以禁止耶稣教及其他容易引起动乱的活动，佛教与其他文化因而能在稳定中持续发展。德川家康是净土宗的信徒，因此努力保护佛教，并将佛教纳入封建政权的体系中。他颁布“寺院法度”，用来制定各宗派所属寺院的属从关系，及对寺院的种种规定。又实施“寺檀制度”，使全国每一个国民都有归属护持的寺院。由于法度的限制与寺檀的建立，寺院僧侣的生活获得了保障，但也导致佛教发展的停滞。
本期佛教有隐元隆琦禅师(1592－1673)从中国应邀至日本创黄檗宗最受瞩目。“黄檗宗”与临济、曹洞二宗并称，为日本禅宗第三大派。整体来说，本期的法度制度，是奖励学问的，然在思想方面却受到限制，因此在佛学研究上并无特殊表现。反之，江户末期，儒学与国学却积极推展，此时日本神道也应时复兴，但是受到“废佛毁寺”的影响，佛教又进入黑暗期。
明治维新至今
孝明天皇庆应三年(1867)，将大政奉还，第二年开始“明治维新”。明治天皇在明治元年(1868)颁布“神佛分离令”，以神道教为国教，又以种种理由，迫令僧侣沿用俗姓，甚至鼓励僧侣食肉带发娶妻。佛教界因此集合信徒发起“护法一揆”(团结一致)运动来反抗，才获得停止，但有日本净土真宗受其影响。至福田行诫、大谷光尊、赤松光映等新佛教先驱，以世界宗教大势，评驳政府的宗教政策，又有真宗西本愿寺派的岛地默雷等大力宣导宗教自由立场，终于在明治二十二年通过宗教自由的法律规定，佛教至此才得以渡过困厄时期，进入新的时代。
明治二十年前后，自由研究佛学的新风气普遍展开，佛教大学的建立、经典的整理，以及佛学辞典的编纂发行等工作，更充实了日本现代佛学的内容。而在信仰方面，已经脱离中国佛教型态与观念，并且在日本文化酝酿下的佛教也已普及于民间。二次世界大战后，佛教更是蓬勃发展，如雨后春笋般发展极为迅速。
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