目前遇到这样的一种情况：贷款人与借款人签订了借款合同、房屋转让合同以及补充协议。

法律上是允许的。但是会存在法律风险。这样做的结果，显然是排除了担保法的适用。
对于贷款人来说，由于没有办理不动产的抵押登记，如果在合同履行期间你把房子卖给了第三人并办理了过户手续，则之后发生纠纷时，贷款人要求你履行转让房屋的义务就缺乏了操作的可能性，因为此时房屋所有权已归第三人所有。
对于你来说，最大的风险就存在于房屋转让合同中。签协议本身就存在着法律风险。鉴于贷款人意图规避担保法的适用，我认为他很有可能会通过各种形式在房屋转让合同中设置陷阱。届时如你到期不履行债务，贷款人则可以要求你既承担履行房屋转让合同的义务，又要求你承担违约责任。
最后，公司股权的话是质押，道理和不动产抵押一样，可以参考。

是这样的，借款合同和抵押合同应该是银行一份、借款人一份、抵押人一份、抵押登记部门一份，如果您向银行贷款，借款合同、抵押合同就是您的凭证，您在银行办理了业务的证明，将来出了什么问题才有证据可以证明，包括提前还款有没有违约金啊什么的，如果没有的话，在和银行对话的时候很吃亏的要过没有的话，您可以去找银行，让他们给您出具一份带有公章的复印件，这样的话也是具有法律效应的可以放心

房屋转让合同是有偿合同，价金这么约定的？办理抵押登记费用不多，但是可能会又执行风险，房屋转让合同在执行方面稍微简单点，另外只要价金没问题就不会有大的风险

这牵扯到该合同签订是否违法，如果违法合同无效。
看你这贷款借款的，是不是民间高利贷啊？
如果是的话，法律只保护贷款人高于银行利率4倍以内的权益。

可以啊。关联合同，借款合同是房屋转让合同的生效前提，这做法是减少了抵押环节。
可能存在的问题是：
1、两份合同的关联性要约定清晰，最好将房屋转让合同的生效日期定在远期，不要两份合同在日期上相近，防止出现意外。
2、注意保留还款单据，可以尝试在房屋转让合同上增加附件，双方确认每期的还款和剩余还款。
3、房屋抵押的价值和转让的价值不一样，这个要算清。抵押了以后不能换贷，房子是要经拍卖的，多余的钱会给回你。直接转让就不会，到时房屋价值超过贷款的话，你就亏了。