做pcr,要时刻记着这6个:模板,引物,taq酶,dNTP,mg2+,温度及其他条件控制。
设计实验围绕的是这6个中心环节,而troubleshooting也要从这6个方面入手,一项项排查
孔的大小应该不会是造成条带问题的原因。建议你筛查一遍,从污染、操作顺序、加量多少等分别排查,是否有不当之处。
个人觉得,以前能够做出来,说明操作没有问题,反应体系也没有问题,但是后来做不出来,主要考虑两个因素:模板是否降解?dNTP是否出问题(我们实验室的也碰到类似问题,换新的dNTP就好了)
你说的小孔和中空是反应体系(PCR终体积)吗,如果是的话,我觉得啊,你的体系放大可能有问题。好多实验在小体系中,某种因素的影响可能很小,小到可以忽略,但放大后就影响很明显。你可以用大体系进行优化,针对楼上的各种可能原因,设计些梯度,进行摸索。希望能帮到你。